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2022

抗sars - cov -2免疫粘连素对欧米克隆和其他新出现的令人担忧的变种仍然有效
柯亨-德瓦希，温斯坦，卡兹。，阿什凯纳兹-艾隆，莫·Y.，希蒙·A，阿奇杜特·H.，塔米尔·H.，伊斯列·T.，斯特贝尔特·R.，谢梅什·M.，斯托勒-巴拉克·L.，舒尔曼·Z.，帕兰·N.，弗莱什曼·s·J.，迪斯金·R.。et al。 (2022) iScience。 25日, 10日, 105193. 摘要

阻断SARS-CoV-2与其血管紧张素转换酶2受体的相互作用被证明是一种有效的治疗选择。开发了多种蛋白结合剂和单克隆抗体，可有效靶向SARS-CoV-2的受体结合域(RBD)，以防止与ACE2相互作用。SARS-CoV-2变体的出现会在RBD中积累改变，这可能会严重影响这种免疫治疗药物的疗效，正如Omicron的情况一样，它可以抵抗先前分离的许多单克隆抗体。在这里，我们评估了我们在大流行早期开发的一种基于ace2的免疫粘连素，以对抗一些最近引起关注的变体(VoCs)，包括Delta和Omicron变体。我们表明，我们的ace2 -免疫粘连素在中和这些变体方面仍然有效，这表明基于免疫粘连素的免疫疗法不太容易被病毒逃逸，并有可能对未来的VoCs保持有效。

(所有作者)
拉沙病毒刺突复合物的结构和受体识别
卡茨，温斯坦，艾隆-阿什肯纳兹，葛林，科恩-德瓦希，埃拉德，弗莱什曼，S. J.，迪斯金。 (2022) 自然(伦敦)。 603年, 7899年, p . 174 - 179 摘要

拉沙病毒(LASV)是一种人类病原体，可导致大量的发病率和死亡率1,2。与其他沙粒病毒科相似，它在其表面呈现i类尖刺复合物，便于细胞进入。该病毒的细胞受体是基质聚糖，一种存在于α-反糖甘3,4上的线性碳水化合物，但LASV用来识别这种聚糖的分子机制尚不清楚。此外，LASV和其他沙粒病毒有一种独特的信号肽，形成成熟穗状病毒的完整和功能重要部分5,6,7,8;然而，膜中信号肽的结构、功能和拓扑结构仍然不确定9,10,11。在这里，我们解决了一个完整的原生LASV刺突复合体的结构，发现信号肽穿过膜一次，其氨基端位于细胞外区域。与双面域切换机制一起，信号肽有助于稳定刺突复合物在其原生构象。这一结构揭示了LASV尖刺复合物预先加载了基质聚糖，提示了α-反糖甘性沙粒病毒结合并合理化受体识别的机制。这一发现进一步让我们了解了病毒释放的机制，并可能促进合理设计利用该结合位点的新疗法。

2021

不同抗体对糖聚糖新抗原CA19-9的生物分子识别
博伦斯坦-卡茨，华绍斯基，阿蒙。，陈晓峰，陈晓峰，陈晓峰，陈晓峰，陈晓峰，陈晓峰，陈晓峰，陈晓峰，陈晓峰，陈晓峰，陈晓峰，陈晓峰。et al。 (2021) 分子生物学杂志。 433年, 15日, 167099. 摘要

糖修饰细胞表面，分泌糖蛋白和糖脂，改变的糖常在癌症中发现。然而，尽管聚糖具有很高的诊断和治疗潜力，但它们是极性和柔性分子，这对高亲和力结合抗体的开发和设计具有相当大的挑战性。为了了解糖基新抗原被抗体特异性识别的机制，我们使用x射线晶体学分析了两种不同抗体对肿瘤相关碳水化合物抗原CA19-9的生物分子识别。尽管聚糖具有潜在的可塑性，抗体呈现出非常不同的抗原结合表面，但这两种结构揭示了本质上相同的扩展CA19-9异构体，这表明这种异构体的稳定性选择了抗体。从其中一个抗体的结合结构开始，我们使用AbLIFT计算算法设计了一个变体，在变量域的轻重链界面具有7个核心突变，对CA19-9的亲和力提高了10倍。这些结果揭示了抗体用于特异性识别糖聚糖抗原的策略，并展示了自动化抗体优化方法如何用于增强现有抗体的临床潜力。

(所有作者)
针对人类冠状病毒和动物冠状病毒的交叉反应抗体为未来人畜共患外溢提供了诊断方法
克朗普斯，利维坦，沃格尔。，马佐尔·R.，卡尔卡·I.，斯托勒-巴拉·L.，内森·N.，佩雷斯·A.，莫斯·L.，戈涅瓦·A.，卡根·本·提克瓦·S.，西纳尔·E.，德瓦希·h·C.，加比森·R.，伦敦·N.，迪斯金·R.，亚里·G.，温伯格·A.，舒尔曼·Z.，西格尔·E.。et al。 (2021) 科学免疫学。 6， 61年, eabe9950。摘要

动物冠状病毒(aCoVs)对人类的外溢导致了SARS、中东呼吸综合征和COVID-19。虽然已经报道了SARS-CoV-2与季节性/普通感冒人类冠状病毒(hcov)之间交叉反应的抗体反应，但与acv的潜在交叉反应和诊断意义尚不完全清楚。在本研究中，我们在噬菌体展示的抗原文库中探索了针对所有7种hcov和49种aCoVs的抗体结合。269例COVID-19康复患者的抗体库与260例未暴露的大流行前对照相比显示出明显变化，不仅限于与SARS-CoV-2抗原的结合，还包括与与SARS-CoV-2具有共同基元的hcov和acv的抗原的结合。我们从COVID-19康复患者中分离出具有广泛反应性的单克隆抗体，这些单克隆抗体结合了SARS-CoV-2、hCoV-OC43、hCoV-HKU1和几种aCoVs的共同基元，表明一种免疫球蛋白可以介导种间交叉反应。使用针对整个冠状病毒抗原文库的抗体结合数据，可以通过机器学习准确区分COVID-19康复患者和未暴露的个体。不考虑SARS-CoV-2抗原，仅依靠与其他hcov和aCoVs结合的抗体，可以同样准确地检测SARS-CoV-2感染。在不了解其独特抗原的情况下，仅通过对其他hcov和acv的交叉反应性抗体反应来检测SARS-CoV-2感染的能力，这为未来大流行的早期阶段提供了一种潜在的诊断策略。创建定期更新的代表动物冠状病毒的抗原文库可以为已经准备好在未来人畜共患传播事件后识别受感染个体的血清学检测提供基础。

(所有作者)

2020

粘蛋白与血管性血友病因子聚合物的组装机制
贾维特·G，赫梅利尼茨基·L，艾伯特·L。、比格曼、埃拉德、摩根斯顿、伊兰尼、李维、迪斯金、法斯。et al。 (2020) 细胞。 183年, 3. p。717 - 729. - e16天摘要

呼吸道和肠道在吸入空气和食物时暴露在物理和生物危害之下。同样，血管系统也受到炎症和创伤的威胁。黏蛋白糖蛋白和相关的血管性血友病因子保护脆弱的细胞层在这些不同的系统。结肠粘蛋白还能容纳和喂养肠道微生物群。在这里，我们提出了肠道黏蛋白MUC2的综合结构分析。我们的研究结果揭示了负责凝血、粘液纤毛清除和肠粘膜屏障的复杂大分子形成保护性聚合物和水凝胶的共同机制。具体来说，冷冻电子显微镜和晶体结构显示了富含二硫化物的桥和ph可调界面如何控制内质网和高尔基体中的连续组装步骤。值得注意的是，密集的o -糖基化粘蛋白结构域在MUC2中发挥组织作用。黏蛋白的组装机制及其对止血的适应性为合理调控屏障功能和凝血提供了基础。

(所有作者)
癌症中靶向糖基化的治疗性抗体的定向进化
阿蒙·R，罗森菲尔德·R，珀尔马特·S。、格兰特·欧·C、耶胡达·S、博伦斯坦·卡茨、阿尔卡莱·R、马绍斯基·T.、余海华、迪斯金·R.、伍兹·R. J.、陈晓欣、帕德勒·卡拉瓦尼·V.。et al。 (2020) 癌症。 12， 10日, 2824. 摘要

糖基化模式通常在癌症中改变，导致肿瘤相关碳水化合物抗原(TACA)的表达。虽然很有希望，但目前可用的抗糖聚糖抗体对临床癌症治疗没有用处。在这里，我们表明，有效的抗糖聚糖抗体可以获得癌症治疗效果。我们设计了酵母表面显示来生成和选择结肠癌和胰腺癌中针对TACA SLea (CA19−9)的治疗性抗体。精英克隆显示出更高的亲和力，更好的特异性，更好的人胰腺癌和结肠癌细胞系的结合，以及更高的补体依赖的治疗效果。分子建模解释了在分子水平上提高抗体功能的结构基础。这些定向分子进化和有效抗糖基抗体选择的新工具，为靶向糖基化的癌症治疗机制提供了深刻的见解，并提供了重大的方法学进步，有可能开辟癌症治疗领域的创新研究途径。

(所有作者)
从COVID-19患者中纵向分离强效近生殖系sars - cov -2中和抗体
克瑞尔，泽纳，韦伯。、Ercanoglu m.s.、Gieselmann L.、Rohde C.、Halwe S.、Korenkov M.、Schommers P.、Vanshylla K.、Di Cristanziano V.、Janicki H.、Brinker R.、Ashurov A.、Kraehling V.、Kupke A.、Cohen-Dvashi H.、Koch M.、Eckert J. M.、Lederer S.、Pfeifer N.、Wolf T.、Vehreschild m.j. G.、Wendtner C.、Diskin R.、Gruell H.、Becker S.、Klein F.。et al。 (2020) 细胞。 182年, 4， p . 843 - 854 摘要

SARS-CoV-2大流行对公共卫生、社会生活和世界经济产生了前所未有的影响。由于已获批准的药物和疫苗有限或无法获得，对COVID-19治疗和预防的新选择的需求很大。为了确定sars - cov -2中和抗体，我们分析了12例COVID-19患者在诊断后8至69天的抗体反应。通过筛选4313个sars - cov -2反应性B细胞，我们从不同时间点分离出255个抗体，最早在诊断后8天。其中，28个菌株的IC100低至0.04 mu g/mL，有效中和了真实的SARS-CoV-2，显示出广泛的可变(V)基因谱和低水平的体细胞突变。有趣的是，在COVID-19大流行前取样的48名健康个体的幼稚B细胞库中发现了潜在的前体序列。我们的研究结果表明，sars - cov -2中和抗体很容易从不同的前体库中产生，这为接种疫苗后快速诱导保护性免疫反应带来了希望。

(所有作者)
针对埃博拉病毒的聚合免疫反应的结构基础
科恩-德瓦希，泽纳，艾哈德，卡茨，埃拉德，克莱因，迪斯金。 (2020) 细胞宿主和微生物。 27日, 3. p . 418 - 427 摘要

埃博拉病毒病在非洲是一个严重的健康问题。显示扎伊尔埃博拉病毒糖蛋白刺突复合体的疫苗是防治该病毒的主要组成部分。最近发现以V(H)3-15/V(lambda)1-40为基础的抗体是接受埃博拉病毒疫苗的个体的常见反应。这些抗体显示出诱人的特性，因此可能有助于疫苗的功效。在这里，我们使用冷冻电镜来阐明来自不同个体的3个V(H)3-15/V(lambda)1-40抗体是如何靶向病毒的，并发现了针对spike复合体上部分保守位点的收敛机制。我们的研究合理化了V(H)3-15/V(lambda)1-40种系基因的选择，并强调了埃博拉病毒种特异性序列差异可能限制V(H)3-15/V(lambda)1-40基于体液反应的广度。这项研究的结果可以帮助开发改进的免疫方案，并进一步使设计对更广泛的埃博拉病毒种有效的免疫原成为可能。
tfr1热带沙粒病毒通用免疫疗法的合理设计
科恩-德瓦希，阿蒙，阿甘斯。、克罗斯·R·W、博伦斯坦·卡茨、马特奥·M.、贝泽·S.、帕德勒·卡拉瓦尼V.、盖斯伯特·t·W.、迪斯金·R。et al。 (2020) 自然通讯。 11， 1， 67. 摘要

在啮齿动物群体中传播的某些沙粒病毒感染人类后可引起危及生命的出血热。由于沙粒病毒的有效传播，它们造成暴发的严重风险，并可能被用作生物武器。人们迫切需要针对这些病毒的有效对策。理想情况下，一种单一的治疗方法可以有效地对抗该家族中的许多甚至所有致病病毒。然而，尽管所有来自南美洲的致病性沙粒病毒都利用转铁蛋白受体1 (TfR1)作为细胞受体，但它们的病毒糖蛋白高度多样化，阻碍了分离交叉中和抗体的努力。在这里，我们使用一种合理的设计方法来解决这个问题，以高效和广泛地靶向tfr1热带沙粒病毒。泛反应性分子对所测试的所有沙粒病毒都非常有效，提供了一种通用的治疗方法。我们的设计方案避免了以往免疫粘连素的缺点，可用于对抗其他人畜共患病原体。

(所有作者)

2019

埃博拉病毒疫苗rVSV-ZEBOV的多克隆和聚合抗体反应
艾哈特，泽纳，克莱林。、科恩-德瓦希、克瑞尔、埃拉德、格鲁埃尔、埃尔卡诺格鲁、施莫默斯、吉塞尔曼、艾格林、达尔克、沃尔夫、普费弗、阿多·M·M、迪斯金、贝克尔、克莱因·F。et al。 (2019) 自然医学。 25日, 10日, p . 1589 - 1600 摘要

重组水泡性口炎病毒-扎伊尔埃博拉病毒(rVSV-ZEBOV)是最先进的埃博拉病毒候选疫苗，目前正被用于抗击刚果民主共和国(DRC)爆发的埃博拉病毒病(EVD)。在这里，我们通过进行全面的单B细胞和电子显微镜结构分析，检查了参加rVSV-ZEBOV 1期疫苗接种试验的人类志愿者亚群的体液免疫反应。四个研究疫苗显示多克隆，但可复制和收敛的B细胞反应具有共享的序列特征。ebov靶向抗体与其他埃博拉病毒物种发生交叉反应，详细的表位图谱显示，靶点表位与从EVD幸存者中分离出的抗体重叠。此外，在所有疫苗中，我们检测到高效的ebov中和抗体，其活性与目前临床试验中使用的单克隆抗体相当或更好。这些包括结合IGHV3-15/IGLV1-40免疫球蛋白基因片段的抗体，这些抗体在所有被调查的个体中都被发现。我们的发现将有助于评估和指导当前和未来的疫苗接种策略，并为新型EVD疗法提供机会。

(所有作者)
肠凝胶形成黏蛋白通过二硫介导的D3结构域二聚体聚合
贾维德，卡尔沃，李志强，李志强，瑞兹尼克，伊兰尼，狄斯金，法斯。 (2019) 分子生物学杂志。 431年, 19日, p . 3740 - 3752 摘要

粘蛋白2糖蛋白组装成一种复杂的水凝胶，保护肠道上皮细胞，并容纳肠道微生物群。粘蛋白2组装的一个主要步骤是预先形成的粘蛋白二聚体的进一步多聚化，被认为在水凝胶膨胀时产生蜂蜂窝状排列。重要的未决问题是多个黏蛋白2二聚体如何彼此共价连接，以及黏蛋白2多聚化与相关聚合物(如呼吸道黏蛋白和止血蛋白血管性血友病因子)中的类似过程相比如何。在这里，我们报告了粘蛋白2多聚化模块的x射线晶体结构，发现形成了由两个亚基间二硫键连接的二聚体。二聚体结构对目前的肠粘蛋白组装模型提出了质疑，该模型提出了相同模块的二硫介导的三聚体化。通过二聚体界面相互作用的关键残基在肠粘蛋白直系物中高度保守，支持所观察到的第四阶结构的生理相关性。通过对界面残基的了解，可以证明这些氨基酸中的许多也存在于其他粘蛋白和血管性血友病因子中，进一步表明本文报道的稳定二聚体排列可能在这个功能广泛的蛋白质家族中共享。因此，黏蛋白2模块结构揭示了黏蛋白和血管性血友病因子聚合的方式，在对粘膜上皮细胞和血管系统至关重要的大分子组装之间绘制了深层结构的相似性。
通过自动设计可变轻重链界面优化抗体亲和力和稳定性
华绍斯基，卡兹，李立士。，赫梅利尼茨基，本·尼桑，贾维特·G，戴姆·O，昂格尔·T，诺普·O，阿尔贝克·S，迪斯金·R，法斯·D，沙伦·M，弗莱什曼·S·J。et al。 (2019) PLoS计算生物学。 15日, 8， e1007207。摘要

为研究和临床应用开发的抗体可能表现出次优的稳定性、表达性或亲和性。现有的优化策略主要集中在表面突变，而自然亲和成熟也在抗体核心引入突变，同时提高稳定性和亲和性。为了系统地绘制抗体可变片段(Fv)的突变耐受性，我们对抗溶菌酶抗体进行了酵母展示和深度突变扫描，发现许多亲和增强突变聚集在抗体核心的可变轻重链界面。罗塞塔设计结合了增强突变，产生了亲和度高10倍的变体，并大大提高了稳定性。为了使这种方法广泛使用，我们开发了AbLIFT，一个自动化的web服务器，设计多点核心突变，以改善特定Fv轻链和重链之间的联系(http://AbLIFT.weizmann.ac.il)．我们将AbLIFT应用于两种针对人类抗原VEGF和QSOX1的不相关抗体。引人注目的是，这些设计提高了稳定性、亲和力和表达产量。该结果为通过自动计算亲和力和稳定性设计绕过抗体工程的费力周期提供了原理证明。

(所有作者)
来自旧大陆哺乳病毒的GP2核包装在其融合后构象中的变化影响膜融合效率
舒尔曼，卡茨，科恩-德瓦希，格林布拉特，李维，迪斯金。 (2019) 分子生物学杂志。 431年, 11， p . 2095 - 2111 摘要

拉沙病毒(LASV)是西非一种臭名昭著的人类病原体。它的I类三聚体尖刺复合物显示出独特的结构，其细胞进入机制涉及其他相关病毒所不具有的独特属性。我们从LASV (GP2)的尖刺复合物中确定了GP2融合糖蛋白的晶体结构
LASV
)在其融合后的构象。GP2
LASV
采用类似于其家族中的其他病毒的标准螺旋束配置。GP2的核心包装
LASV
然而，与其他病毒的GP2相比，它更有组织，减少了内部疏水腔的形成。我们证明了这种不利疏水腔的形成与膜融合和细胞进入的效率之间的联系。我们的研究表明，LASV通过优化其GP2模块的融合后配置，进化出了比其家族其他病毒更高效的膜融合剂。
针对Lassa和Junín病毒分离的GP1受体结合域的差异抗体免疫应答
鲍伦斯坦-卡茨，舒尔曼，哈马维，莱特纳，迪斯金。 (2019) 病毒学杂志。 93年, 8， e00090-19。摘要

沙粒病毒科病毒有两个主要亚群，旧世界病毒和新世界病毒，它们使用不同的细胞受体进入。新世界的病毒通常会引起良好的中和抗体反应，而旧世界的病毒通常会逃避这种反应。基于抗体的免疫反应是针对修饰病毒的糖蛋白刺突复合物。一层厚厚的聚糖涂层降低了抗体到达旧大陆病毒刺突复合物表面的可及性，但其他机制可能进一步阻碍高效体液反应的发展。具体来说，有人认为旧大陆拉沙病毒的GP1受体结合模块可能有助于逃避体液反应。在这里，我们研究了拉沙病毒的GP1结构域的免疫原性，并将其与新世界Junín病毒的GP1结构域进行了比较。我们发现，在天然刺突复合物的背景下，针对这些免疫原开发的抗体针对相同GP1受体结合域的能力存在显著差异。来自Junín病毒的GP1引起了有效的中和反应，而来自拉沙病毒的GP1只引起了非有效反应。这些差异可以解释为Lassa病毒的GP1(而Junín病毒的GP1)在与三聚体尖刺复合物解离后发生构象变化。因此，在拉沙病毒的情况下，GP1的脱落确实可以作为一种破坏体液免疫反应的机制。 Moreover, the realization that a recombinant protein may be used to elicit a productive response against the New World Junín virus may suggest a novel and safe way to design future vaccines. IMPORTANCE Some viruses that belong to the Arenaviridae family, like Lassa and Junín viruses, are notorious human pathogens, which may lead to fatal outcomes when they infect people. It is thus important to develop means to combat these viruses. For developing effective vaccines, it is vital to understand the basic mechanisms that these viruses utilize in order to evade or overcome host immune responses. It was previously noted that the GP1 receptor-binding domain from Lassa virus is shed and accumulates in the serum of infected individuals. This raised the possibility that Lassa virus GP1 may function as an immunological decoy. Here we demonstrate that mice develop nonproductive immune responses against GP1 from Lassa virus, which is in contrast to the effective neutralizing responses that GP1 from Junín virus elicits. Thus, GP1 from Lassa virus is indeed an immunological decoy and GP1 from Junín virus may serve as a constituent of a future vaccine.

2018

天然质谱快速表征分泌重组蛋白
Ben-Nissan G.， Vimer S.， Warszawski S.。，卡茨，约娜·M.，安格·T.，法勒·Y.，摩根斯顿·D.，科恩·德瓦什·H.，迪斯金·R.，弗莱什曼·s·J.，莎伦·M.。et al。 (2018) 生物学通讯。 1， 213. 摘要

过表达蛋白的特性是评估其质量的关键，并为迭代设计和优化提供输入。这一过程通常在需要大量时间和人力成本的净化程序之后进行。因此，没有事先纯化的重组蛋白的质量评估提供了一个主要的优势。在这里，我们报告了一种本地质谱方法，能够直接从培养基中表征过度生产的蛋白质。溶解性、分子量、折叠、组装状态、整体结构、翻译后修饰和与相关生物分子的结合等特性被立即揭示。我们展示了该方法对真核生物系统(如酵母、昆虫和人类细胞)分泌重组蛋白的深入表征的适用性。该方法可以很容易地扩展到高通量分析，大大缩短了蛋白质生产和表征之间的时间间隔，特别适合于表征工程蛋白和突变蛋白，优化过表达蛋白的产量和质量。

(所有作者)
Lujo病毒识别受体的结构基础
科恩-德瓦希，基利姆尼克，迪斯金。 (2018) 微生物学性质。 3. 10日, p . 1153 - 1160 摘要

卢乔病毒(Lujo virus, LUJV)已成为一种高度致命的人类病原体。尽管LUJV属于沙粒病毒科，但它不属于该病毒家族已知的旧世界组和新世界组。同样，最近发现LUJV使用神经蛋白酶-2 (NRP2)作为细胞受体，而不是旧世界和新世界沙粒病毒使用的典型受体。一种致命病原体通过前所未有的进入途径进入人类群体，引发了许多关于细胞识别机制的问题。为了特别为对抗LUJV提供基础，并增加我们对伴随向沙粒病毒新受体进化切换的分子变化的一般理解，我们使用x射线晶体学揭示了LUJV的GP1受体结合域(LUJVGP1)如何识别NRP2。结构数据表明，LUJVGP1与旧世界沙粒病毒更相似，而不是与新世界沙粒病毒。实验验证支持的结构分析进一步表明，NRP2识别依赖于金属离子，并且完整的NRP2结合位点是在三聚体spike的背景下形成的。综上所述，我们的数据为LUJV的细胞附着步骤提供了机制，并为对抗这一病原菌提供了不可或缺的信息。
3.3埃分辨率下i型结核分枝杆菌脂肪酸合成酶的结构
埃拉德、巴隆、Y法勒、S阿尔贝克、J格伦沃尔德、G拉维夫、Z沙克、o辛霍尼、R迪斯金。 (2018) 自然通讯。 9日, 3886. 摘要

结核病(TB)是由结核分枝杆菌(Mtb)引起的一种破坏性和迅速传播的疾病。治疗需要联合使用多种药物进行长期治疗，治疗方案的中断会导致耐多药结核分枝杆菌株的出现和传播。耐多药结核是一个重大的全球卫生问题，迫切需要开发新型药物来防治结核。在这里，我们报道了从Mtb中提取的与2个MDa - i型脂肪酸合成酶(FAS-I)相似的3.3埃分辨率结构，通过单颗粒冷冻电镜(dmo)测定。结核分枝杆菌FAS-I是一种重要的酶复合物，有助于结核分枝杆菌的毒力，因此是抗结核药物的主要靶点。我们获得的Mtb FAS-I的结构信息使基于计算机的药物发现方法成为可能，并且通过冷冻电镜获得的分辨率足以阐明假定的小分子质量抑制剂的抑制机制。
重组，4'-磷酸antetheinated，活性结核分枝杆菌脂肪酸合成酶I在大肠杆菌中的表达
S.男爵，Y.法勒，J.格伦沃尔德。、摩根斯顿、埃拉德、佩雷兹、阿尔贝克、列文、韦尔奇、杜维德、施瓦茨、伯斯坦、迪斯金、沙克克、辛霍尼。et al。 (2018) PLoS ONE。 9日, e0204457。摘要

来自结核分枝杆菌(Mtb)的脂肪酸合成酶1 (FAS I)是一种必需蛋白和有前景的药物靶点。FAS I是一种多功能、多结构域蛋白，被组织成一个大的(1.9 MDa)同六聚体复合体。脂肪酸延伸过程中产生的酰基中间体共价附着在酰基载体蛋白(ACP)结构域上。该结构域是由4’-磷酸甲氨酸(4’-PP，也称为P-pant)基团从CoA转移到ACP，由4’-PP转移酶(酰基载体蛋白合成酶(AcpS)催化而激活的。为了在大肠杆菌中获得活化的FAS I，我们用标记的Mtb fas1和由单独的质粒编码的acpS基因转化大肠杆菌。我们在诱导AcpS表达后诱导Mtb FAS I的表达。FAS I采用链式亲和层析法纯化。Mtb FAS I的激活被质谱鉴定为丝氨酸1808位点上的结合P-pant基团。利用Ellman反应，通过分光光度法分析NADPH氧化和CoA生成，纯化的FAS I显示出生化活性。纯化的Mtb FAS I形成六聚体复合物，阴性染色和低温电镜显示。 Purified hexameric and active Mtb FAS I is required for binding and drug inhibition studies and for structure-function analysis of this enzyme. This relatively simple and short procedure for Mtb FAS I production should facilitate studies of this enzyme.

(所有作者)
psi后第一次CASP实验的目标重点(CASP12, 2016年5月至8月)
克里什塔福维奇，阿尔布雷希特，巴塞尔。、蓝P。卡普托A . T。卡瓦略A . L。曹国伟K . L。迪斯,忠诚,丰特斯C . M . G ., Fredslund F。吉尔伯特·h·J。高尔丁C·W。哈特曼M . D。海耶斯C . S。赫兹伯格O,希尔J . C。Joachimiak。,Kohring G,今敏R . I。瞧Leggio L。,Mangiagalli, Michalska K,蜕皮,Najmudin年代,纳尔迪尼,Nardone V, Ndeh D, Thanh-Hong Nguyen Pintacuda G, Postel S。,van Raaij M . J。Roversi P,西蒙·A。,辛格A·K。桑德博格e·J。K玷污,Zitzmann N。,Schwede T。et al。 (2018) 蛋白质结构功能与生物信息学。 86年, p。27-50 摘要

作者描述了所选CASP12靶标的功能和生物学意义。晶体学家讨论了目标蛋白最有趣的结构特征，并评估这些特征是否在提交给CASP12实验的预测中被正确地再现。

(所有作者)

2017

白水阿罗约哺乳病毒受体选择性的结构基础
谢蒙，夏妮O. &迪斯金R.。 (2017) 分子生物学杂志。 429年, 18， p . 2825 - 2839 摘要

白水阿罗约病毒属于“新世界”哺乳病毒组，存在于啮齿动物宿主中，在北美和南美流行。新世界哺乳病毒的分支B和NB使用转铁蛋白受体1 (TfR1)进入。虽然所有这些病毒都使用来自啮齿动物的TfR1同源物，但有些病毒也可以使用人类的TfR1，从而感染人类。虽然我们有致病性病毒识别TfR1的结构信息，但我们不知道致病性病毒和非致病性病毒的受体结合域之间有什么结构差异，这些差异允许一些但不是所有病毒利用人类受体进入。对哺乳动物病毒宿主范围的分子决定因素及其致病性的了解不足，部分原因是这些病毒的受体结合结构域之间序列相似性较低，而且现有结构信息有限，因此无法使用建模方法。在这里，我们提出了一个非致病性Glade NB哺乳病毒受体结合域的第一个晶体结构。这种结构揭示了tfr1热带病毒受体结合域内结构差异的大小。我们的结构和序列分析表明，与人类受体相同的结构不相容性同样影响致病性和非致病性哺乳病毒。非致病性病毒不具有阻止它们利用人类受体的特定结构元件。相反，直接利用人类受体的能力取决于整个受体结合位点的弱相互作用的程度，在一些病毒中，弱相互作用足够强，可以克服结构不相容。 (C) 2017 Elsevier Ltd. All rights reserved.
拉沙病毒LAMP1结合位点的图谱揭示了其他旧世界沙粒病毒所没有的独特决定因子
谢琳，柯恩-德瓦希，舒尔曼，希蒙。 (2017) PLoS病原体。 13日, 4， e1006337。摘要

许多包膜病毒通过与细胞受体接触进入细胞，然后内化到内吞腔室和ph诱导的膜融合。人们发现，在两种毁灭性的人类病原体——埃博拉病毒和拉沙病毒——进入细胞时，一个以前被忽视的受体转换步骤至关重要。我们最近的研究揭示了受体切换到LAMP1在触发拉沙病毒膜融合中的功能作用，并表明保守组氨酸参与了这一切换，这表明该家族的其他病毒也可能切换到LAMP1。然而，当我们研究基因上与拉沙病毒接近的病毒时，我们发现它们不能结合LAMP1。来自Morogoro病毒的受体结合模块的晶体结构揭示了结构差异，允许将LAMP1结合位点映射到其家族中其他病毒所不具有的一组独特的拉沙残基，说明了拉沙病毒细胞进入机制的关键差异，这可能有助于其致病性。

2016

拉沙病毒尖刺复合物与LAMP1结合及pH感知的作用
科恩-德瓦希，以色列，沙尼O，卡兹A. &迪斯金R.。 (2016) 病毒学杂志。 90年, 22日, p . 10329 - 10338 摘要

为了有效地感染细胞，拉沙病毒需要在一个内体室中从它的主要受体α -营养不良聚糖切换到一种被称为LAMP1的蛋白质。拉沙病毒糖蛋白尖刺复合物受体结合结构域表面的一个独特的组氨酸三联体对LAMP1结合很重要。在这里，我们研究了与LAMP1相互作用能力受损的突变尖刺，并表明尽管LAMP1对高效感染性很重要，但它本身并不是尖刺介导的膜融合所必需的。我们的研究揭示了组氨酸在感知酸性pH值和防止过早刺突触发方面的重要调节作用。我们进一步表明，LAMP1需要一个带正电的His230残基与尖刺复合物结合，LAMP1结合促进了膜融合。这些结果阐明了LAMP1结合在拉沙病毒进入细胞过程中的分子作用，并为刺突如何感知pH提供了新的见解。

2015

拉沙病毒识别LAMP1的分子机制
科恩-德瓦希，科恩，以色列，迪斯金。 (2015) 病毒学杂志。 89， 15日, p . 7584 - 7592 摘要

拉沙病毒是一种臭名昭著的人类病原体，每年在西非感染数千人，导致严重的病毒性出血热和严重的死亡率。拉沙病毒表面糖蛋白通过其GP1亚基介导受体识别。本文报道了Lassa病毒GP1的晶体结构，这是旧大陆沙粒病毒中第一个具有代表性的GP1结构。我们发现了一个独特的组氨酸三联体，它形成了LAMP1的结合位点，LAMP1是一种已知的溶酶体蛋白，最近被发现是酸性ph下内化拉沙病毒的关键受体。我们证明了这个组氨酸三联体的突变削弱了对LAMP1的识别，它在旧大陆沙粒病毒中高度保守。我们的生化和结构数据进一步表明，来自拉沙病毒的GP1可能发生了不可逆的构象变化，这可能是一种免疫诱饵机制。加上我们在GP1表面发现的一个可变区域，这可能是拉沙病毒用来避免基于抗体的免疫反应的两种不同机制。病毒蛋白的原子分辨率结构数据是理解其在分子水平上的功能的关键，可以促进对抗病毒感染的新途径。在这里，我们使用x射线蛋白质晶体学来破译拉沙病毒受体结合域(GP1)的晶体结构。这是一种在西非引起重大疾病和死亡的致病性病毒。这一结构揭示了来自旧大陆沙粒病毒组的GP1结构域的整体结构。 Using this structural information, we elucidated the mechanisms for pH switch and binding of Lassa virus to LAMP1, a recently identified host receptor that is critical for successful infection. Lastly, our structural analysis suggests two novel immune evasion mechanisms that Lassa virus may utilize to escape antibody-based immune response.

2014

扩大HIV-1疫苗的范围
欧菲克。 (2014) 科学。 346年, 6215年, p . 1290 - 1291 摘要
被动转移适度滴度的强效和广泛中和抗hiv单克隆抗体可以阻止猕猴感染SHIV
马新爱，欧多奴，李世凯。、巴克尔-怀特、马斯科拉、纳贝尔、内森、蒙特菲奥里、莫德、波格纳德、迪斯金、比约克曼、埃克豪斯、克莱因、穆奎特、洛伦兹、加祖米安、波顿、努森茨威格、马丁、西村Y。et al。 (2014) 实验医学杂志。 211年, 10日, p . 2061 - 2074 摘要

人们普遍认识到，针对病毒病原体的有效人用疫苗会引起中和抗体(nab)。通过被动转移抗HIV-1抗体，赋予猕猴绝菌免疫，已被用于确定血浆中和滴度(必须在接触时存在)，以防止获得SIV/HIV嵌合病毒(SHIV)感染。我们将最近分离的5种强效和广泛作用的抗hiv中和单克隆抗体(mAbs)注射到恒河猴体内，并在24小时后用两种不同的R5-tropic SHIVs中的任何一种向直肠内发起挑战。通过结合从60只受感染动物获得的结果，我们确定，在50%的受感染猴子中，预防病毒感染的血浆保护性中和效价相对适中(类似于1:100)，可以通过接种疫苗实现。

(所有作者)

2013

使用合理设计的抗HIV-1抗体来限制HIV-1的逃逸途径
戴斯金，克莱因F，霍维茨J. A。、霍珀·斯特龙伯格、萨瑟·丹恩、马科维奇奥、李涛、西安培杰、高华、希曼·M·S、Stamatatos L、纳森茨威格·M·C、比乔克曼·p·J。et al。 (2013) 实验医学杂志。 210年, 6， p . 1235 - 1249 摘要

最近发现的能有效中和大多数HIV-1毒株的广泛中和抗体(bNAbs)是在缺乏有效疫苗的情况下，潜在的基于抗体的治疗方法对抗HIV/艾滋病的关键。通过突变增加bNAb的效力和对常见HIV-1逃逸途径的抗性将促进它们作为治疗药物的使用。我们之前使用基于结构的设计来创建bNAb NIH45-46(G54W)，与其他bNAbs相比，它表现出更好的效力和/或广度。我们报告了新的、更有效的NIH45-46(G54W)变体，使用NIH45-46-gp120复杂结构和NIH45-46(G54W)耐药HIV-1毒株的序列分析设计。其中一种变体，45-46m2，可以中和96%的HIV-1毒株，以及从hiv感染者身上分离出来的对所有其他已知bNAbs具有耐药性的病毒，使其成为迄今为止最广泛和最有效的抗HIV-1抗体。基于45-46m2-gp120晶体结构对其机理进行了描述。第二种变体，45-46m7，旨在阻止HIV-1对NIH45-46(G54W)的耐药性，这是由gp120一致序列的突变引起的，针对HIV-1逃逸的常见途径。在组合中，45-46m2和45-46m7减少了在HIV-1(YU-2)感染的人源化小鼠中合适的病毒逃逸突变体进化的可能途径，当第三种抗体10-1074添加到组合中时，病毒中毒控制表现出来。

(所有作者)
通过广泛中和抗体的种系版本识别HIV-1 gp120的结构基础
沙夫，西安培杰，高华，李涛，沙伊德，努森茨威格，比约克曼。 (2013) 美国国家科学院院刊。 110年, 15日, p . 6049 - 6054 摘要

了解种系b细胞受体(BCRs)如何识别HIV-1的gp120/gp41包膜峰值，将有助于设计一种有效的基于抗体的抗HIV-1疫苗。来自VH1-2*02种系等位基因的强效VRC01-like (PVL) HIV-1抗体靶向gp120上保守的CD4结合位点。设计能够诱导PVL抗体的免疫原的瓶颈是VH1-2*02种系BCR与gp120的相互作用未被表征。在这里，我们报道了一个单独的VH1-2*02种系抗体和一个与HIV-1 gp120复合物的重链/成熟轻链嵌合抗体的结构。VH1-2*02残基与gp120外结构域有广泛的接触，包括所有的PVL签名和CD4模拟相互作用，但与gp120内结构域和桥接层没有关键的CDRH3接触，这是NIH45-46比密切相关的克隆变体(如VRC01)的效价提高的原因。我们的研究结果为VH1-2*02种系BCRs对HIV-1的初始识别提供了深入的见解，并可能促进免疫原的设计，以接合和刺激广泛而有效的CD4结合位点抗体。
免疫球蛋白框架的体细胞突变通常需要广泛和有效的HIV-1中和
李志刚，李志刚，李志刚。、盖伯乐、穆凯、乔格耶、潘切拉、周涛、印苏瑞、傅宝忠、Gnanapragasam p.n.p、Oliveira t.y、Seaman m.s、邝培德、Bjorkman p.j、Nussenzweig m.c。et al。 (2013) 细胞。 153年, 1， p . 126 - 138 摘要

针对HIV-1的广泛中和抗体(bNAbs)可以预防感染，因此对HIV-1疫苗设计具有重要意义。值得注意的是，bNAbs是高度突变的，并由一小部分hiv -1感染者在感染几年后产生。抗体通常在互补决定区(CDR)环中积累突变，该环通常与抗原接触。CDR环由规范框架区域(FWRs)组成，这些区域对突变具有抗性和较低的耐受性。在这里，我们报道，与大多数抗体(包括那些具有有限的HIV-1中和活性的抗体)相比，大多数bNAbs在其fwr中需要体细胞突变。结构和功能分析表明，FWR残基的体细胞突变通过增加灵活性和/或直接抗原接触来增强广度和效力。因此，在bNAbs中，fwr在支撑CDR循环之外发挥着重要作用，在HIV-1疫苗设计中应该考虑它们对效力和广度的不同寻常的贡献。

(所有作者)
重组HIV包膜蛋白不能参与种系版本的抗cd4bs bNAbs
胡特，麦圭尔，柯汉。，斯特朗·R·K，汉格特纳·L，克莱因·F，迪斯金·R，沙伊德·j·F，萨瑟·d·N，伯顿·d·R, Stamatatos L。et al。 (2013) PLoS病原体。 9日, 1， e1003106。摘要

到目前为止，针对HIV-1的候选疫苗还不能诱导广泛中和抗体(bNAbs)，尽管它们将bNAbs识别的表位表达到HIV包膜糖蛋白(Env)。为了了解Env免疫原是否以及如何与预测的已知bNAbs的种系版本相互作用，我们筛选了一大组(N:56)重组Env(来自分支a、B和C)，以与广泛中和的抗cd4结合位点抗体b12、NIH45-46和3BNC60的种系前身结合。成熟抗体与不同的Envs反应，但相应的种系抗体不表现出env反应性。用工程嵌合抗体分别结合成熟和生殖系的重链和轻链进行的实验表明，这两个抗体链对已知的这些抗体的交叉反应性都很重要。我们的研究结果还表明，为了使b12表现出广泛的交叉反应性，需要在其VH区域内发生多个体细胞突变。种系b12不能结合重组可溶性Env的一个后果是Env通过种系b12 BCR诱导的b细胞激活没有发生。我们的研究为重组可溶性环境免疫原诱导bNAbs的困难提供了新的解释。我们的研究还强调了需要加大努力，以确定罕见的自然发生或工程的Envs，这些Envs可能参与bNAbs的种系BCR版本。

(所有作者)

2012

通过在人源化小鼠中广泛中和抗体的组合来治疗艾滋病毒
克莱因F，哈尔珀-斯特龙伯格A，霍维茨J. A。、格鲁埃尔、沙伊德、布尔纳佐斯、穆奎特、斯帕茨、迪斯金、阿巴迪、臧涛、多纳尔、比勒贝克、拉伯特、盖伯勒、马科维奇、因塞苏、爱森赖希、比尼亚兹、希曼、比约克曼、拉维奇、普洛斯、努森茨威格。et al。 (2012) 大自然。 492年, 7427年, p。118 - + 摘要

人类免疫缺陷病毒-1 (HIV-1)的抗体可以在体外中和广泛的病毒分离物，并保护非人灵长类动物免受感染(1,2)。先前的研究表明，抗体对病毒施加选择性压力，但逃脱变异在短时间内出现(3,4)。然而，这些实验是在最近发现更有效的抗hiv -1抗体并通过基于结构的设计进行改进之前进行的(5-9)。在这里，我们重新研究了被动抗体转移作为hiv -1感染人源化小鼠的治疗方式。虽然HIV-1可以逃避抗体单一疗法，但广泛中和抗体的组合可以有效控制HIV-1感染，并将病毒载量抑制到检测不到的水平。此外，与抗逆转录病毒治疗相比(10-12)，较长的抗体半衰期导致在停止治疗后平均60天内控制病毒血症。因此，强效单克隆抗体的组合可以有效地控制HIV-1在人源化小鼠中的复制，并且应该重新检查作为HIV-1感染个体的治疗方式。

(所有作者)
HIV-1进入小鼠模型
彼得施，格鲁埃尔，布尔纳佐斯。，多诺万B. M.，克莱因F.，迪斯金R.，希曼M. S.，比约克曼P. J.，拉维奇J. V.，普洛斯A.，努森茨威格M. C.。et al。 (2012) 美国国家科学院院刊。 109年, 39岁, p . 15859 - 15864 摘要

被动转移对抗HIV-1的中和抗体可以防止猕猴感染，似乎可以延缓人类HIV-1的反弹。因此，抗hiv抗体在疫苗设计中具有重要意义。然而，由于缺乏用于HIV感染的小动物模型，其体内活性的基础一直难以系统地评估。在这里，我们报告了一种遗传人源化小鼠模型，该模型包含荧光素酶报告器，用于快速定量HIV进入。在这种体内模型中，抗体阻止病毒进入的能力是其生物利用度、直接中和活性和效应功能的功能。

(所有作者)
针对HIV-1 gp120的cd4结合位点的一类有效抗体的种系基因使用的结构基础
李文杰，李文杰，李文杰。 (2012) 美国国家科学院院刊。 109年, 30. p。E2083-E2090 摘要

最近报道了大量针对包膜糖蛋白gp120上的cd4结合位点(CD4bs)的抗hiv -1抗体。以VRC01为代表的这些抗体在其广度和效力方面都非常引人注目。晶体结构揭示了其中几种抗体结合的共同模式;然而，CD4bs抗体之间的确切关系仍有待确定。在这里，我们分析了现有的结构和序列数据，提出了一组强效VRC01-like (PVL)抗体的特征，并通过诱变验证了这些特征的重要性。这些特征解释了为什么PVL抗体来源于单一种系人类V-H基因片段，以及为什么某些gp120序列与抗体耐药性相关。我们的结果对疫苗的开发和基于结构的设计具有重要意义，以提高抗cd4bs抗体的效力和广度。

2011

利用基于结构的合理设计提高HIV抗体的效力和广度
李志刚，李志刚，李志刚。，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚，李志刚。et al。 (2011) 科学。 334年, 6060年, p . 1289 - 1293 摘要

针对HIV-1刺突蛋白gp120上CD4结合位点(CD4bs)的抗体可以显示出特殊的效力和广度。我们确定了NIH45-46 (VRC01的一个更有效的克隆变体)单独与gp120结合的结构。与VRC01-gp120的比较表明，重链互补决定区3 (CDRH3)的四个残基插入有助于增加NIH45-46与gp120内部结构域之间的相互作用，这与增强的中和性相关。我们使用基于结构的设计创建了NIH45-46(G54W)，这是CDRH2中的一个单一替代，增加了与gp120桥接片的接触，并提高了宽度和效力，潜在临床应用的关键特性，提高了一个数量级。结合NIH45-46-gp120结构，这些结果表明gp120内结构域和桥接片残基应该包含在免疫原中以诱导CD4bs抗体。

(所有作者)
模仿CD4结合的广泛和有效HIV抗体的序列和结构收敛
沙伊德J. F.，穆凯H.，尤伯海德B.。、迪斯金、克莱因、奥利韦拉、皮耶施、芬约、阿巴迪、韦林松、赫尔利、明、布拉德、波伊格纳德、波顿、佩雷拉、何德德、沃克、希曼、比约克曼、查特、纽森茨威格。et al。 (2011) 科学。 333年, 6049年, p . 1633 - 1637 摘要

被动转移具有广泛中和作用的HIV抗体可以预防感染，这表明引发这种抗体的疫苗是有保护作用的。然而，到目前为止，很少有自然产生的广泛中和HIV抗体被鉴定出来。为了确定这些抗体是否属于一组更大的相关分子，我们从四个不相关的个体中克隆了576个新的HIV抗体。所有四个人都产生了强大的广泛中和CD4结合位点抗体的扩展克隆，模拟与CD4的结合。尽管存在广泛的高突变，但新抗体具有68个免疫球蛋白H (IgH)链氨基酸的一致序列，并且独立于两个相关的IgH基因。将其中一种抗体与广泛中和抗体VRC01的晶体结构进行比较，揭示了与HIV峰值接触的保守性。

(所有作者)
tcr介导的p38 α替代激活位点的活性突变体显示磷酸化唇和DEF位点形成的变化
查鲁姆·N·迪斯金·R·恩格尔伯格·d·利夫纳·O。 (2011) 分子生物学杂志。 405年, 5， p . 1154 - 1169 摘要

p38 α丝裂原激活蛋白激酶通常由丝裂原激活蛋白激酶催化的双(苏氨酸和Tyr)磷酸化激活。然而，在t细胞中，当t细胞受体受到刺激时，p38 α通过另一种途径被激活，包括其在Tyr323上被磷酸化唇远端的ζ链相关蛋白激酶70磷酸化。tyr323磷酸化的p38 α是自激活的，导致Thr180的单磷酸化。pTyr323介导的自动激活所引起的构象变化尚不清楚。缺乏pTyr323 p38 α用于结构研究，促进了对Tyr323突变的研究，这些突变可能在磷酸化时模仿其作用。通过对Tyr323的全面突变，我们确定了使激酶具有内在活性的突变和其他显示无活性的突变。对所选活性(p38 α (Y323Q)、p38 α (Y323T)和p38 α (Y323R))和非活性(p38 α (Y323F))突变体的晶体学研究表明，叶间取向的实质性变化、激活环的延伸构象以及底物对接DEF位点(细胞外信号调节激酶FXF对接位点)相互作用袋的形成与p38 α激活有关。(C) 2010年Elsevier有限公司版权所有。

2010

结合CD4和CD4诱导抗体的分支C hiv - 1gp120的结构揭示了抗CD4多反应性
狄斯金、马科维奇奥、比约克曼。 (2010) 结构与分子生物学。 17日, 5， 608 - u109 p。摘要

对抗HIV-1的策略需要了解来自HIV-1分支C的病毒包膜蛋白的结构知识，这是世界上传播最快的亚型。我们提出了一种含有枝状cgp120包络的晶体结构。该结构是gp120(宿主受体CD4)和CD4诱导抗体21c之间的复合物，揭示了21c表位与gp120(一种非自身抗原)和CD4(一种自身抗原)接触。使用野生型和突变型CD4的结合研究表明，21c Fab在缺乏gp120的情况下与CD4结合，而21c与支C和HIV-2 gp120s的结合需要结晶学上观察到的21c-CD4相互作用。额外的结合数据表明，gp120 V1V2环在CD4结合后为21c创建高亲和力但缓慢形成的表位方面发挥了作用。这些结果有助于从分子上理解cd4诱导的抗体，并为我们了解一种与自身和非自身抗原复合物的潜在自身反应抗体Fab提供了第一次可视化。

2008

ir - ab1的晶体结构:一种原始的鸟类经典fc受体
亚农，凯泽，韦斯特，奥尔森，迪斯金，维特波克，戈贝尔，比约克曼。 (2008) 分子生物学杂志。 381年, 4， p . 1012 - 1024 摘要

ir - ab1是一种新发现的禽免疫球蛋白(Ig)受体，它包括激活和抑制基序，因此被归类为一种潜在的双功能受体。最近，ir - ab1被证明与鸡IgY的Fc区结合，并通过与共同的γ链结合来诱导钙动员，γ链是一种亚单位，在许多不同的免疫受体结扎时传递信号。这里我们描述了1.8埃分辨率的ir - ab1晶体结构。ectodomain。T外结构域由一个c2型Ig结构域组成，类似于在哺乳动物Fc受体如Fc gamma Rs和FcaRI中发现的Ig样结构域。与这些受体和其他单体Ig超家族成员不同，ir - ab1结晶为2倍对称的同型二聚体，与抗体中的可变或恒定区域食客没有相似之处。分析超离心表明，ir - ab1在溶液中以单体和二聚体的混合物存在，平衡凝胶过滤显示受体/配体结合的化学计量为2:1。测量1:1的ir - ab1 /IgY相互作用的亲和度表明亲和复合物相对较低，但2:1的ir - ab1 /IgY相互作用允许表观亲和度的增加，这是由于受体被束缚在表面上时的亲和度效应。综上所述，这些结果增加了对Fc受体及其功能机制的结构理解。(C) 2008年Elsevier有限公司 All rights reserved.
在p38 α中由MAP激酶插入物形成的一个新的脂质结合位点
迪斯金·R.，恩格尔伯格·D.，利夫纳·欧。 (2008) 分子生物学杂志。 375年, 1， p . 70 - 79 摘要

p38丝裂原活化蛋白(MAP)激酶作为许多细胞过程所必需的信号分子，特别是介导应激反应。p38 MAP激酶的活性被精心调节以达到所需的细胞表型。近年来研究了几种不同的活化和衰减机制，其中包括新的磷酸化位点。在这里，我们报道了p38 α MAP激酶与n-辛基- β -吡喃葡萄糖苷洗涤剂配合物的晶体结构。该复合物揭示了一种由MAP激酶插入物局部构象变化形成的新型脂质结合位点。这种结合是MAP激酶插入物在p38中可能发挥作用的第一个原因。结合位点可以容纳大量的脂质分子。此外，我们还通过生物物理方法证明了花生四烯酸及其衍生物在体外能结合p38 α。基于我们的分析，我们提出脂质的结合可以微调p38a的催化活性，使其朝着首选的表型发展。(c) 2007年爱思唯尔有限公司 All rights reserved.

2007

本质活性p38 α MAP激酶的高分辨率衍射晶体:低通量方法的案例研究
迪斯金·R.，恩格尔伯格·D.，利夫纳·欧。（2007）晶体学学报d辑生物晶体学。 63年, p . 260 - 265 摘要

p38 MAP激酶是介导细胞对众多环境条件和信号分子的反应的中心信号分子。它们的正常功能在应激反应、细胞凋亡、分化、生长甚至学习记忆等许多过程中都是必需的。p38 MAP激酶的异常活性与许多疾病的病因有关，因此了解其激活机制至关重要。在这方面，机制的见解可以从最近开发的内在活性p38 α突变体的结构研究中获得。与常规结晶的野生型p38不同，活性突变体在结晶过程中造成了严重的困难。主要的障碍是蛋白质的异质性，通过对重组蛋白进行基因修饰和优化表达和纯化方案，解决了这一问题。获得可结晶蛋白的成功强调了在某些情况下，高通量技术(结晶机器人)和低通量方法以及对结果的仔细监测和分析是必不可少的。
所有人类p38亚型的本质活性变体
阿维策尔，R迪斯金，B拉布伊，N阿斯卡里，d恩格尔伯格，李文娜。（2007） 2月期刊上。 274年, 4， p . 963 - 975 摘要

在真核细胞中，p38丝裂原活化蛋白激酶被激活以响应各种细胞外信号，并在细胞对这些信号的反应中发挥关键作用。四种哺乳动物亚型(p38 α， p38 β， p38 γ和p38 δ)在同一细胞中共表达和共激活。每种p38亚型的确切作用还没有完全确定，部分原因是无法单独激活每个成员。这可以通过使用具有内在活性的突变体来解决。基于之前对酵母p38/Hog1 [Bell M, Capone R, Pashtan I, Levitzki A和Engelberg D (2001) J Biol Chem276, 25351-2538]和人类p38 α [Diskin R, Askari N, Capone R, Engelberg D和Livnah O (2004) J Biol Chem279, 47040-47049]的研究，我们生成了具有内在活性的p38 β， p38 γ和p38 δ突变体。此外，我们在p38 α中发现了一个新的激活突变位点。大多数激活突变位于L16环，其中构象变化被显示为诱导激活。我们表明，这些变化施加了大量的自磷酸化活性，为突变体的内在活性提供了一个机制解释。新的活性变体对底物和抑制剂的特异性与亲本野生型蛋白相似，并被丝裂原激活的蛋白激酶激酶6(其上游激活物)磷酸化。因此，我们已经完成了所有p38亚型的一系列内在活性突变体的开发。 These active variants could now become powerful tools for the elucidating the activation mechanism and specific biological roles of each p38 isoform.
p38 α的过度活跃变异诱导，而p38 γ的过度活跃变异抑制，激活蛋白1介导的转录
阿斯卡里，德斯金，阿维策尔，卡彭，利夫纳，恩格尔伯格。（2007）生物化学杂志。 282年, 1， p . 91 - 99 摘要

p38激酶家族是丝裂原活化蛋白激酶家族的一个亚群。它由四种亚型组成，参与关键的生物过程以及炎症性疾病。每个p38亚型在这些过程中的确切独特作用尚不清楚。为了解决这个问题，我们一直在开发具有内在活性的p38s变体。最近，我们描述了一系列人类p38 α突变体，这些突变体作为从大肠杆菌细胞纯化的重组蛋白自发活性。我们在这里表明，这些突变体中的一些在培养的几种哺乳动物细胞中自发活跃。一些突变体的自发活性高于完全激活的野生型对应物的活性。我们进一步生产了其他p38异构体的突变体，发现p38 β (D176A)、p38 γ (D179A)、p38 delta(DI76A)和p38 delta(F324S)在体内自发活跃。活性突变体也会自发磷酸化。为了测试突变体是否真的履行了p38蛋白的下游职责，我们测试了它们对激活蛋白1 (AP-1)介导的转录的影响。 Active mutants of p38 alpha induced AP-1-driven reporter genes, as well as the c-jun and c-fos promoters. An active variant of p38 gamma suppressed AP-1-mediated transcription. When active variants of p38 alpha and p38-gamma were co-expressed, AP-1 activity was not induced, showing that p38 gamma is dominant over p38 alpha with respect to AP-1 activation. Thus, intrinsically active variants that are spontaneously active in vivo have been obtained for all p38 isoforms. These variants have disclosed different effects of each isoform on AP-1 activity.
p38 α活性突变体的结构揭示了L16环诱导自磷酸化和激活的构象变化
戴斯金、李本戴克、李文华、李文华。（2007）分子生物学杂志。 365年, 1， p . 66 - 76 摘要

p38有丝分裂原活化蛋白(MAP)激酶在许多信号传导过程中起作用，对细胞和生物体的正常功能至关重要。异常p38活性与炎症性疾病和癌症有关，因此了解其激活机制非常重要。p38s通常由磷酸化激活，由MAP激酶(MKKs)催化。此外，最近发现p38 alpha也通过其他途径被激活，这些途径与MKK无关。p38激活的结构基础，特别是在替代途径中，大多是未知的。这种结构数据的缺乏阻碍了p38生物学的研究以及p38抑制新策略的发展。我们最近发现并优化了一组新颖的内在活性p38突变体，其活性独立于任何上游激活。本质活性p38 α突变体的高分辨率晶体结构揭示了L16环区域的局部改变促进激酶激活。因此，L16环可以看作是一个分子开关，在构象变化时促进激活。我们认为类似的L16环构象变化也发生在t细胞中p38a的自然激活机制中。 Our biochemical studies reveal novel mechanistic insights into the activation process of p38. In this regard, the results indicate that the activation mechanism of the mutants involves dimerization and subsequent trans autophosphorylation on Thr180 (on the phosphorylation lip). Finally, we suggest a model of in vivo p38 alpha activation induced by the L16 switch with auto regulatory characteristics.

2006

JX401，一种p38 α抑制剂，含有4-苄基哌啶基序，通过一种新的酵母筛选系统鉴定
傅瑞曼，史瑞琪，班尼特，葛洛斯，迪斯金，马巴赫，孟嘉，恩格尔伯格。 (2006) 分子药理学。 70年, 4， p . 1395 - 1405 摘要

在体内筛选化合物的潜在药理活性比体外筛选更有利。体内筛选消除了无法穿过生物膜、具有细胞毒性或不针对目标的化合物的分离。然而，基于动物甚至基于细胞的系统通常昂贵、耗时和费力。在这里，我们描述了通过使用酵母细胞的高通量筛选识别丝裂原激活蛋白激酶p38 α的抑制剂。P38 α在炎症性疾病中高度活跃，各种适应症表明抑制它可以逆转炎症。然而，目前尚无p38 α抑制剂用于临床。由于人类p38 α在酵母中表达时会造成严重的生长迟缓，因此我们从随机选择的40000个小分子文库中筛选了能够恢复正常生长速度的化合物。我们鉴定了两种化合物;两者都具有4-苄基哌啶的结构基序，并且都被证明是有效和选择性的体外p38 α抑制剂。它们在哺乳动物细胞中也有活性，表现为它们能够可逆地抑制成肌细胞分化。 Thus, the yeast screen identified efficient and specific p38 alpha inhibitors that are capable of crossing biological membranes, are not toxic, and function in mammalian cells. The rapid and cost-efficient high-throughput screening used here could be applied for isolation of inhibitors of various targets.
MAP-探索:我们能产生MAP激酶的组成型活性变体吗?
阿斯kari N.， Diskin R.， Avitzour M.， Yaakov G.， Livnah O. & Engelberg D.。 (2006) 分子和细胞内分泌学。 252年, 2日, p . 231 - 240 摘要

获得固有活性而不受调控的组成活性突变体是揭示蛋白质生化、生物学和病理功能的有力工具。这种突变体不适用于丝裂原活化蛋白激酶(MAPKs)。目前还不知道如何模拟MAPK激活的不寻常模式，并通过突变来强制执行它们的活性构象。在这篇综述中，我们描述了试图克服这一障碍所采用的策略。我们关注p38家族的最新突破，这表明所有mapk的活性变体将很快可用。(c) 2006年爱思唯尔爱尔兰有限公司版权所有。

2004

人类p38 α丝裂原活化蛋白激酶的活性突变体
德斯金、阿斯卡里、卡彭、恩格尔伯格、利夫纳。 (2004) 生物化学杂志。 279年, 45岁的 p . 47040 - 47049 摘要

有丝分裂原活化蛋白(MAP)激酶是丝氨酸/苏氨酸激酶的一个家族，在许多信号转导途径中起作用，并影响各种细胞表型。尽管有丰富的可用数据，但每个MAP激酶的确切作用还没有完全确定，部分原因是无法单独和特异性地激活MAP激酶分子。基于在酵母MAP激酶p38/Hog1中发现的激活突变(Bell, M.， Capone, R.， Pashtan, I.， Levitzki, A.和Engelberg, D. (2001)Chem. 276, 25351-25358)，我们设计并构建了人MAP激酶p38alpha的单个和多个突变体。单个(p38(D176A)， p38(F327L)和p38(F327S))突变体和随后的双(p38(D176A/F327L)和p38(D176A/F327S))突变体获得了独立于任何上游调控的高内在活性，分别达到了10%和25%的水平，参考了双磷酸化的野生型p38alpha。活性p38突变体对p38底物具有较高的特异性，并被特异性p38抑制剂SB-203580和PD-169316抑制。我们还发现类似的突变也可以使p38gamma活跃。基于p38和ERK2的现有结构，我们分析了p38突变体，并在L16环附近确定了一个由三个芳香残基(tir -69、phi -327和Trp-337)稳定的疏水核心。激活后，L16循环的一段，包括phi -327，变得无序。结构分析表明，活性p38突变体模拟了双重磷酸化自然造成的构象变化，即疏水核心的不稳定。 Essentially, the hydrophobic core is an inherent stabilizer that maintains low basal activity level in unphosphorylated p38.