使用WEXAC软件栈
环境模块包
环境模块包允许您动态修改WEXAC集群用户环境，以便运行特定的软件包。
虽然模块的实现依赖于shell，但命令不是。下表列出了一些示例命令。
| 命令 | 描述 |
|---|---|
| 模块效果 | 列出可用模块软件 |
| 模块列表 | 列出当前加载的Modules包 |
| 模块加载matlab/R2011b加载 | 为包加载特定的环境 |
| 模块开关matlab/R2012a | 切换包的环境 |
| 模块卸载matlab/R2012a | 卸载包的特定环境 |
以下是已安装软件包的示例列表，可以使用模块加载:
- BEDTools / 2.16.2
- 爆炸/ 2.2.26
- 咩咩的叫声/ 3.4
- clustalw / 2.1
- comsol / 4.2
- 体内/ 6.4.0
- fasta / 36.3.5a
- 进口/ 2.1
- jdk / 1.7.0
- matlab / R2007b
- matlab / R2010b
- matlab / R2011b
- matlab / R2012a
- mpich / 1.2.7
- mysql / 5.5.22
- ncbi blast + / 2.2.25
- ncbi blast + / 2.2.26
- perl / 5.14.2
- perl / 5.8.8
- pgi / 11.10
- pgi / 12.4
- php / 5.3.10
- 恶作剧/ 111130
- pymol / 1.5
- python / 3.2.2
- R / 2.12.1
- R / 2.14.2
- rmblast / 1.2
- rstudio-server / 0.95.265
- samtools / 0.1.17
- tcltk / 8.5.11
- 天鹅绒/ 1.2.03
- vim - 7.3/7.3
- websvn / 2.3.3
要了解有关环境模块项目的更多信息，请访问环境模块．
负荷分担设施
WEXAC运行Platform lsf功能强大的企业级IBM中间件，具有全面的资源管理和作业调度功能。
LSF的调度策略主要基于fairshare模型。
运行LSF命令
要使用LSF运行tcsh中的包，输入以下命令:
# bsub -o somepath。O -e某个路径。e somescript.csh
脚本类似于以下内容:
#！/bin/bash
模块加载matlab/R2010b
主机名
Matlab -nodisplay -nojvm < /myhome/h。M > /myhome/h.out
Bash用户可以修改.bashrc文件，使其包含以下行:
if [-f /storage/apps/Modules/default/etc/profile.]模块);然后
．/应用程序/模块/ / etc / profile.modules违约
模块加载matlab/R2010b R/2.14.2
fi
下表列出了关键的LSF命令及其对应的SGE命令。
| 描述 | LSF命令 | 上海黄金交易所的等效 |
|---|---|---|
队列命令 |
||
| 列出集群上运行的所有作业 | Bjobs -你们都是 | qstat |
| 列出集群上运行的所有作业， 展开以显示节点 |
bjobs -u all -X | Qstat -g t |
| 列出你正在运行的工作 (也接受-X标志来展开显示节点) |
bjobs | qstat -u user_ID |
| 显示作业的详细信息 (JOBID代表作业编号) |
bjobs -l JOBID | qstat -j JOBID |
| 列出可用队列，包括数量 工作和槽 |
bqueues | Qstat -g c |
工作命令 |
||
| 提交名为jobname的作业 | Bsub < jobname.bsub | qsub jobname.job |
| 删除正在运行的作业 (JOBID代表作业编号) |
bkill JOBID | qdel JOBID |
工作的旗帜 |
||
| 向队列queuename提交作业 | #BSUB -q queuename | #$ -q queuename.q |
| 作业名 | #BSUB -J JobName | #$ -N JobName |
| 包含10个元素的数组作业 | #BSUB -J JobName[1-10 . | #$ -t 1-10 |
| 申请xx个插槽 | #BSUB -n xx | #$ -pe mvapich xx |
| 在作业开始时发出电子邮件通知 | # BSUB - b | #$ -m b |
| 在工作完成时发出电子邮件通知 | # BSUB - n | #$ -m e |
| 将输出写入output.log(用于JOBINDEX数组的LSF - I) | #BSUB -o output.log | #$ -o output.log |
| 将错误写入error.log (LSF - I用于数组JOBINDEX) |
#BSUB -e error.log | #$ -e error.log |
工作变量 |
||
| 工作ID | LSB_JOBID美元 | JOB_ID美元 |
| 数组作业索引 (当在SGE中使用-t时 -J Name[1-X] in LSF) |
LSB_JOBINDEX美元 | SGE_TASK_ID美元 |
| 请求的并行槽数 | LSB_DJOB_NUMPROC美元 | NSLOTS美元 |
有关LSF的更多信息，请参阅LSF快速参考指南．
有关SGE到LSF迁移的详细信息，请参阅WEXAC SGE-to-LSF迁移用户培训演示．