生物信息学:LSCF课程

即将到来的课程

rna序列分析要领

Bareket Dassa博士，Dena Leshkowitz博士，Ester Feldmesser博士，Gil Stelzer博士，Noa Wigoda博士

当:周四0915-1100,Benoziyo生物化学，290c室，第一讲2022年10月11日

教学大纲

• RNA-Seq简介
• 实验设计
• 文库制备，Illumina测序和质量控制
• RNA-Seq基因水平差异表达及Mars-Seq分析
• 基因表达数据的聚类分析
• 功能分析:基因本体和途径
• RNA-Seq论文的一个例子的批判性审查

分析单细胞测序数据

Bareket Dassa博士，Dena Leshkowitz博士，Ester Feldmesser博士，Gil Stelzer博士，Noa Wigoda博士

当:周四，1115-1300,FGS, B室第一讲20/4/2023

分子生物学、微流体和计算的最新进展已经改变了单细胞RNA测序(scRNA-seq)的增长领域。此外，新的方法现在涵盖了单细胞的不同特征，如:染色质可及性，空间定位和免疫表型。同时测量多种模式代表了单细胞基因组学的一个令人兴奋的前沿，并且需要基于多模式数据定义细胞状态的计算方法。

本课程介绍单细胞rna测序(scRNA-seq)数据分析的基本方法，并结合其他模式。它将包括一个常见的生物信息学分析工作流程的实践练习。

需要有R编程经验和体RNA-Seq分析经验。

我们将讨论以下主题:

• 单细胞技术简介
• Cell Ranger分析单细胞基因表达(GEX)(使用Chromium 10X)
• 质量控制措施，归一化，聚类等多采用R包Seurat
• 基因表达数据的下游分析:注释簇，轨迹，细胞-细胞通信(配体-受体)
• 使用R包Signac分析多组数据，即GEX和ATAC-Seq
• 免疫谱分析和表面蛋白表达
• 空间转录组

研究数据的统计分析

罗恩·罗特科普夫博士

当:周二，1115-1300,FGS, B室，第一讲2023年4月18日

本课程旨在使学生熟悉执行各种统计检验:t检验，方差分析及其不同变亚博英雄联盟体，多元线性回归等。本课程的主要目的是让学生了解哪种分析适用于每种类型的数据，并使用r进行适当的分析。主要重点亚博英雄联盟将放在统计学知识在回答研究问题时的可用性和应用上，而不是统计方法的数学背景。

不需要编程背景。

按周划分的主题:

1. R简介
2. 描述性统计
3. 比较两个总体:t检验。
4. 比较两个总体-非参数检验
5. 单向方差分析
6. 多重比较与对比
7. 双向方差分析
8. 实验设计-随机块，嵌套，分割图
9. 实验设计-重复测量
10. 数据转换，功率计算
11. 线性回归
12. 相关性+选题

Python数据科学入门教程

伊多·阿祖里博士

当:周一，1115-1300,Ebner礼堂，第一讲2023年5月29日

教学大纲

第1-5周学习基本的python包和编程技能，重点是数据科学，包括:

• -NumPy
• 熊猫
• Matplotlib
• 使用变量、表、绘图、循环和条件语句

第6周

• Scikit-learn
• 学习机器学习的基本原理，解决简单问题

即将举行的研讨会

即将举行的讲座

鉴于讲座

如何设计你的差异基因表达实验，2021年10月25日-2021年

Noa Wigoda博士著

当:10:15 - 12:00

地点:范伯格教室C

本讲座将概述生物学家的设计考虑因素，使实验结果的价值最大化。

它将使用相关的生物学例子来解决诸如重复数量、批量效应、变异、池化等问题。

讲座需要注册并开放。

如果您已经注册了BBCU的活动，请登录这里:http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events(点击登录按钮)，然后你需要注册参加研讨会。(点击注册按钮)。如果您是第一次参加BBCU的活动，您需要在这里注册:http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events，然后登入并登记参加工作坊。

Illumina NGS技术介绍，2021年11月1日-2021年

Ester Feldmesser博士著

时间:10:15 - 12:00

哪里:范伯格C室

本讲座将概述Illumina文库的制备和结构原理，以及其仪器使用的测序方法(簇生成、桥式扩增和化学)。

讲座需要注册并开放。

如果您已经注册了BBCU的活动，请登录这里:http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events(点击登录按钮)，然后你需要注册参加研讨会。(点击注册按钮)。如果您是第一次参加BBCU的活动，您需要在这里注册:http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events，然后登入并登记参加工作坊。

单细胞rna测序(scRNA-seq)简介，2022年1月3日

吉尔·施特尔策博士著

时间:10:15 - 11:00

哪里:范伯格C室

在这次演讲中，我们将介绍用于单细胞分子测序的技术原理。它的优点和局限性。我们将讨论RNA-seq在单细胞中的各种应用，如基因表达，免疫分析(TCR和BCR)。

指定FGS课程

Python数据科学入门(2022年春季)

伊多·阿祖里博士

链接到Feinberg获取详细信息

当:周一，11:15-13:00，第一堂课6/6/2022

本课程专为没有或有一点编程经验的学生设计，希望获得Py亚博英雄联盟thon编程的基本技能。重点将放在数据科学上。完成课程后，学生将获得Python的基本编程技能以及数据科学和机亚博英雄联盟器学习的一些背景知识。

生物信息学

作者:Shifra Ben-Dor博士，Bareket Dassa博士，Dr。Ester Feldmesser, Irit Orr

当:周日14:15-16:00,FGS B室，周一09:15-11:00在wolfson礼堂演讲。第一讲2022年3月27日

本课程将从生物学的角度教授最常用的生物信息学工具背后的数据和算法。当课程结束时，参与者应该能够使用数据和程序，并对程序、参数和数据库做出明智的选择，而不管使用的是特定的站点。还将教授各种生物环境的最佳实践(推荐地点和程序)。在期末项目中，学生们将选择一个基因，并按照亚博英雄联盟我们在课程中对他们感兴趣的基因所做的一切进行研究。

课程教学大纲

基本的主题:
数据库简介
DNA测序和组装
两两比较
数据库相似度搜索
多个对齐
图案，图案和概况
基因结构
基因组数据库和浏览器

其他议题(时间允许):
比较基因组学
蛋白质二级结构
基因本体论
路径分析
基因敲除(miRNA, siRNA和CRISPR)

研究数据的R统计分析(2022年春季)

罗恩·罗特科普夫博士

当:周四，10:15-12:00，第一讲27/3/2022)

本课程旨在使学生熟悉执行各种统计检验:t检验，方差分析及其不同变亚博英雄联盟体，多元线性回归等。本课程的主要目的是让学生了解哪种分析适用于每种类型的数据，并使用r进行适当的分析。主要重点亚博英雄联盟将放在统计学知识在回答研究问题时的可用性和应用上，而不是统计方法的数学背景。不需要编程背景。

课程大纲:

R简介
描述性统计
比较两个总体:t检验
比较两个总体-非参数检验
单向方差分析多重比较和对比
双向方差分析
实验设计-随机块，嵌套，分割图
实验设计-重复测量
数据转换，功率计算
线性回归
相关性+选题

生物学家深度测序分析入门(秋季学期)

Dena Leshkowitz博士，Bareket Dassa博士，Ester Feldmesser博士，Gil Stelzer博士，Noa Wigoda博士，Tsviya Olender博士

当:周一10:15-12:00，周四09:15-11:00,FGS, B室
第一讲:25/10/2021

本课程是深度测序分析的入门课程。本课程基于网络工具。不需要编程技能。

教学大纲:

实验设计
介绍Illumina NGS技术
Illumina初步分析
序列对齐或映射
对齐可视化
基因表达分析(RNA-seq & MARS-seq)
聚类
探索性分析
功能分析:基因本体
功能分析:途径分析
RNA-Seq数据转录本的组装和量化
使用牛津纳米孔技术(ONT)和太平洋生物科学(PacBio)的长读测序
变异检测
ChIP-Seq:利用高通量测序发现蛋白质- dna相互作用
ATAC-Seq:映射染色质可达性
单细胞rna测序(scRNA-seq)简介
scRNA分析:从单细胞计数矩阵到生物学知识(使用Seurat)
宏基因组的概述

有关本课程详情，点击这里

Python数据科学入门(2021年春季)

伊多·阿祖里博士

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当:周三，13:15-15:00，第一讲25/3/2020

本课程专为没有或有一点编程经验的学生设计，希望获得Py亚博英雄联盟thon编程的基本技能。重点将放在数据科学上。完成课程后，学生将获得Python的基本编程技能以及数据科学和机亚博英雄联盟器学习的一些背景知识。

使用R对研究数据进行统计分析(2021年春季)

罗恩·罗特科普夫博士

当:周二，11:15-13:00，第一讲23/3/2021)

成功完成本课程后，学生应能够:亚博英雄联盟
为给定的实验设定确定适当的统计分析。
计划实验时要考虑统计能力、足够的样本量和避免潜在的统计“陷阱”。使用R执行各种常见的统计检验(例如，t检验，方差分析及其不同变体，多元线性回归，非参数分析)(尽管所获得的知识也将适用于商业统计软件)。
严格审查已发表论文中进行的统计分析。

研究数据分析中的统计原理(2020年春季)

罗恩·罗特科普夫博士

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时间:周三，13:15-15:00，第一讲25/3/2020

地点:范伯格B教室

本课程旨在使学生熟悉执行各种统计检验:t检验，方差分析及其不同变亚博英雄联盟体，多元线性回归等。本课程的主要目的是使学生了解哪种分析适用于每种类型的数据，并使用R或其他统计软件执行适当的亚博英雄联盟分析。主要关注统计知识在回答研究问题时的可用性和应用，较少关注统计方法的数学背景。不需要编程背景。

Python数据科学入门教程

伊多·阿祖里博士

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学习python的基本包和编程技能，重点是数据科学和机器学习

时间:周一讲座，1115-1300和周四教程，1115-1300，第一次讲座:11/05/2020

生物学家深度测序分析入门

讲师:博士。Dena Leshkowitz, Ester Feldmesser博士，Gil Stelzer博士，Bareket Dassa博士，Noa Wigoda博士，Tsviya Olender博士

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课程安排及地点

第一学期:周二0915-1100，沃夫森礼堂
辅导课:周三1115-1300,FGS, B教室
第一讲:05/11/2019

课程材料:

本课程是深度测序分析的入门课程。本课程基于网络工具。不需要编程技能。

教学大纲:

介绍Illumina NGS技术
NGS应用及分析介绍
Illumina初级分析管道和质量控制
Illumina库制备
基因组序列比对
RNA-Seq基因水平差异表达及Mars-seq分析
RNA-Seq转录水平分析和从头转录组组装
非模式生物的RNA-Seq分析
基因表达数据的聚类分析
功能分析:基因本体和途径
单细胞RNA-Seq技术与分析
表观基因组数据分析:ChIP-Seq和ATAC-Seq
变异检测分析
长读测序技术:PacBio和Nanopore
内部开发的NGS管道接口
宏基因组的概述

生物信息学，2019年春季学期(从2019年3月25日开始)

Shifra Ben-Dor博士

时间:周一，9:15-11:00，第一讲25/3/2018

地点:沃尔夫森礼堂

尸体教学大纲

研究数据分析中的统计原理，2019年春季学期(2019年3月27日开始)

罗恩·罗特科普夫博士

时间:周三，11:15-13:00，第一讲27/3/2019

地点:范伯格B教室

本课程旨在使学生熟悉执行各种统计检验:t检验，方差分析及其不同变亚博英雄联盟体，多元线性回归等。本课程的主要目的是使学生了解哪种分析适用于每种类型的数据，并使用R或其他统计软件执行适当的亚博英雄联盟分析。主要关注统计知识在回答研究问题时的可用性和应用，较少关注统计方法的数学背景。不需要编程背景。

课程教学大纲

下一代序列(Ngs)数据生物信息学分析，2018年第一学期

Ester Feldmesser博士，Dena Leshkowitz博士，Tsviya Olender博士，Hadas Keren-Shaul博士，Ron Rotkopf博士，Bareket Dassa博士，Noa Wigoda博士

时间:2018年8月11日，周四，9:15-12:00，第一讲

地点:范伯格B教室

课程教学大纲

深度测序数据分析导论，2018年6月17-27日

Ester Feldmesser博士，Dena Leshkowitz博士，Tsviya Olender博士，Hadas Keren-Shaul博士，Ron Rotkopf博士，Gil Stelzer博士

时间:17-27/6,9:00-13:30

地点:范伯格B教室

课程材料:

教学大纲:

介绍Illumina NGS技术
NGS应用及分析介绍
Illumina初级分析管道和质量控制
基因组序列比对
RNA-Seq基因水平差异表达及Mars-seq分析
RNA-Seq转录水平分析和从头转录组组装
基因表达数据的聚类分析
功能分析:基因本体和途径
ChIP-Seq:利用NGS发现蛋白质- dna相互作用
变异检测
其他基因组技术:Pacbio和10xGenomics

研究数据分析中的统计原理(2018年春季)

罗恩·罗特科普夫博士

时间:周一，11:15-13:00，第一讲19/3/2018

地点:范伯格B教室

本课程旨在使学生熟悉执行各种统计检验:t检验，方差分析及其不同变亚博英雄联盟体，多元线性回归等。本课程的主要目的是使学生了解哪种分析适用于每种类型的数据，并使用R或其他统计软件执行适当的亚博英雄联盟分析。主要关注统计知识在回答研究问题时的可用性和应用，较少关注统计方法的数学背景。不需要编程背景。

按周划分的主题:

R简介
描述性统计
比较两个总体:t检验
比较两个总体-非参数检验
单向方差分析
多重比较与对比
双向方差分析
实验设计-随机块，嵌套，分割图
实验设计-重复测量
数据转换，功率计算
线性回归
相关性+选题

研究数据分析中的统计原理(2017年春季)

罗恩·罗特科普夫博士著

地点:沃尔夫森礼堂

时间:周四，11:15-13:00，第一讲30/03/2017

本课程旨在使学生熟悉执行各种统计检验:t检验，方差分析及其不同变亚博英雄联盟体，多元线性回归等。本课程的主要目的是使学生了解哪种分析适用于每种类型的数据，并使用R或商业统计软件执行适当的亚博英雄联盟分析。主要关注统计知识在回答研究问题时的可用性和应用，较少关注统计方法的数学背景。不需要编程背景。

深度测序数据分析导论

德纳·莱什科维茨博士和伊斯特·费尔德梅瑟博士

地点:FGS计算机教室(B)

当:4-14.6.2017

本课程为下一代测序分析的入门课程。讨论了该技术及其主要应用。我们的目标是教授数据分析的基本步骤，以及如何提取结果的生物学意义。

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研究数据分析中的统计学原理(2016年第二学期周四11:15-13:00)

罗恩·罗特科普夫博士著

地点:Feinberg计算机教室(B)

本课程旨在使学生熟悉执行各种统计检验:t检验，方差分析及其不同变亚博英雄联盟体，多元线性回归等。本课程的主要目的是使学生了解哪种分析适用于每种类型的数据，并使用R或商业统计软件执行适当的亚博英雄联盟分析。主要关注统计知识在回答研究问题时的可用性和应用，较少关注统计方法的数学背景。不需要编程背景。

深度测序数据分析简介(13-17.3.2016,09:00-14:30)

德纳·莱什科维茨博士和伊斯特·费尔德梅瑟博士

地点:FGS计算机教室(B)

本课程为下一代测序分析的入门课程。讨论了该技术及其主要应用。我们的目标是教授数据分析的基本步骤，以及如何提取结果的生物学意义。

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研究数据分析中的统计原理(2015年春季)

罗恩·罗特科普夫博士著

地点:Feinberg计算机教室(B)

本课程旨在使学生熟悉执行各种统计检验:t检验，方差分析及其不同变亚博英雄联盟体，多元线性回归等。本课程的主要目的是使学生了解哪种分析适用于每种类型的数据，并使用R或商业统计软件执行适当的亚博英雄联盟分析。主要关注统计知识在回答研究问题时的可用性和应用，较少关注统计方法的数学背景。不需要编程背景。

FGS实验室课程:深度测序数据分析入门(21-25.06.2015 09:00-14:30)

作者:Ester Feldmesser博士，Dena Leshkowitz博士，Gili Friedlander博士，Ophir Adiv博士，Barak Markus博士

地点:范伯格生命科学实验室
课程大纲:

鉴于研讨会

从RNA-Seq获取生物学见解，2022年7月25日

作者:ester Feldmesser博士，Noa Wigoda博士和Bareket Dassa博士，LSCF生物信息学部门

时间:2022年7月25日9:00-12:00

地点:Candiotty礼堂

描述:

本研讨会将涵盖基因表达聚类和功能分析方法的基本概念。

本次研讨会的范围不包括实践培训。

之前的基本RNA-Seq分析知识将提高您对本次研讨会的兴趣。

不需要注册。

研讨会议程:

9:00 -9:30 -生物实验背景下的研讨会概述

9:40 - 10:30 -层次和k-均值聚类原理

10:45 - 11:40 -使用基因本体和途径信息对基因列表进行功能分析

11:45 - 12:00 -结束

你需要知道的关于RNA-Seq的一切，2022年5月3日

作者:Dena Leshkowitz博士和Noa Wigoda博士，LSCF生物信息学部门

Hadas Keren-Shaul博士，基因组组

时间:9点

地点:Candiotty礼堂

描述及日程安排:
RNA-Seq(包括bulk Mars-seq)技术通常用于表征转录组和检测细胞类型、基因型和条件之间的基因表达差异。

5月3日的研讨会将讨论:
9:00 -9:45理论基础分析步骤
9:50 - 10:35关于协议类型和RNA质量的实用建议
10:40 - 11:25用UTAP报告中的例子演示实验设计问题。
UTAP:用户友好的转录组分析管道

BioCyc网站工具介绍，2021年7月

作者:Bareket Dassa博士

时间:2021年7月

地点:稍后通知

BioCyc是一个互动的网络收集有机体特定途径/基因组数据库(http://www.biocyc.org/)．它提供了先进的工具来探索和可视化代谢网络，为模型真核生物和成千上万的细菌物种。
在本次研讨会中，我们将演示BioCyc的基本和高级功能。从如何浏览BioCyc数据库集合开始，并在代谢途径的交互式地图上可视化组学数据(转录组学，蛋白质组学或代谢组学)。我们将使用组学仪表板、路径拼贴和表格工具分析组学数据。我们还将说明用于物种之间比较分析的工具，包括细菌比较基因组浏览器和调节网络分析。对于高级用户，我们将概述新功能，智能桌面和路径工具软件。

魏茨曼用户可以免费访问BioCyc收藏。

Linux和生物信息学Wexac集群基本介绍，2021年6月22日

Ester Feldmesser博士和Noa Wigoda博士

地点:范伯格B教室

时间:10:00 -13:00

在本研讨会中，我们将了解基本的Linux命令，并学习如何将作业逐个发送到wexac集群。

不需要之前的知识。

注册是必须的，并且是开放的。请使用此链接这个链接报名时请输入姓名、实验室和电子邮箱。

决策树-生物数据上展示的机器学习分类模型，2021年6月30日

作者:以利沙·戈尔茨坦

缩放:

当:10:00

本次研讨会将分为两部分:

第一部分-通过深度学习算法进行图像分类的理论背景。

具体而言，将给出构建图像分类器的管道，重点介绍卷积神经网络(CNN)模型及其组件，以及合成数据增强以增加数据集大小以减少过拟合。

第二部分-引入类激活映射(CAM)，这是一种将学习提取的图像特征可视化的方法，这些特征与图像分类类别相关。

它将在真实的生物医学图像上进行演示，并将在研讨会期间使用TensorFlow和OpenCV Python包进行深度学习和计算机视觉的代码片段。

基于基因表达数据的机器学习分类介绍

作者:以利沙·戈尔茨坦

在过去的二十年里，机器学习在研究和工业领域都有了很大的发展，通常用于使用分类模型的预测任务。本次研讨会的重点是如何在从癌症基因组图谱(TCGA)下载的mRNA测序数据的示例上演示如何构建机器学习分类器。研讨会将包括两个部分:

10:00 - 10:30机器学习分类模型的基本原理的理论介绍:概念，分类，数据处理和机器学习模型的构建。这部分将是初学者的水平，不需要任何先前的知识

10:30 - 11:00使用Python代码和Jupyter笔记本作为开发环境进行基本原理演示。演示将由讲师带领，因此编程技能是有帮助的，但不是必需的。

将在研讨会上使用的笔记本可在这里查看。为了执行保存到您的谷歌驱动器(进一步的解释将在演示中给出)。

对于那些想要准备研讨会或自学分类知识的人，附件是一些示例和解释的链接:

讲座录音可在此找到:

https://weizmann.cloud.panopto.eu/panopto/pages/viewer.aspx?id=4225745b - 2 - d9b - 457 - c - 995 c - acf500a025f5 >

单细胞分析简介(scRNA-Seq)， 2020年12月

作者:Dena Leshkowitz博士，Gil Stelzer博士，Bareket Dassa博士和Ron Rotkopf博士

当:10:00

单细胞测序技术允许在单细胞分辨率下对基因表达进行解剖，并将其与多组学数据集成，这极大地改变了转录组学研究。

本次研讨会将涵盖单细胞rna测序(scRNA-seq)数据分析的基本方法，并结合其他多模态数据。我们将介绍目前在魏茨曼研究所可用的10x基因组平台技术和应用的概述。学员将熟悉使用公共工具分析scRNA-seq的计算和统计概念。

目标受众是计划设计、分析或增强他们对scRNA-seq的理解的实验生物学家。

讲座录音可在此找到:

http://dors.weizmann.ac.il/course/workshop2021/scRNA/

机器学习和深度学习与Sklearn和TensorFlow Python包，2020年10月26日

伊多·阿祖里博士著

从PC, Mac, Linux, iOS或Android加入:https://weizmann.zoom.us/j/93163450426?pwd=UVZVNDBJa0JTNUlpVzhzaFZIRmZWZz09

当:11:00 - 12:00

在本次研讨会上，将演示解决机器学习多类分类问题的管道。利用Pandas、Sklearn和TensorFlow的基本和高级功能对一个合成的未处理数据集进行处理和建模。简要介绍机器学习分类的理论背景。

研讨会将以适合所有人的理论部分开始，以适合具有编程背景(特别是Python)的学生的实践部分结束。亚博英雄联盟

2020年7月28日:GeneCards套件

Marilyn Safran, Simon Fishilevich博士和Ruth Barshir博士著

缩放:https://weizmann.zoom.us/j/92147900677?pwd=SC9nV2xzdjdwR0FoWUhPd2U3c0VCUT09

当:10:00 - 12:00

GeneCards®人类基因数据库于1997年推出，并在GeneCards套件中扩展到包含以基因/疾病/途径为中心的实体和关系。该套件的全面知识库和工具能够导航人类生物数据的宇宙-基因，蛋白质，细胞，调节元件，生物途径，变异，药物和疾病-以及它们之间的联系，在研究和临床领域。

本次会议包括背景和演示，包括GeneCards, MalaCards, PathCards, VarElect和GeneAnalytics，以及我们的最新创新，GeneHancer和改进的基因中心ncrna，以及它们在破译和理解由WGS识别的非编码变异的疾病相关意义中的作用。

2020年7月6日:UTAP:用户友好的转录组分析管道

作者:Dena Leshkowitz博士，Bareket Dassa博士和Noa Wigoda博士

缩放:https://weizmann.zoom.us/j/97383090653

当:9:30 - 12:30

RNA-Seq(包括bulk Mars-seq)技术通常用于表征转录组和检测细胞类型、基因型和条件之间的基因表达差异。为了实现快速和用户友好的数据分析，我们开发了一种直观和可扩展的转录组管道(UTAP)，它在Weizmann计算机集群(WEXAC)上执行整个过程，从序列开始，以综合报告结束。

研讨会包括UTAP执行的分析步骤的理论基础，以及运行管道并理解其产生的输出的实践会议。

2020年6月25日:关于MARS-seq沙盒生物信息管道的简要技术培训

作者:Bareket Dassa博士

缩放:https://weizmann.zoom.us/j/92791733489

当:13:00-14:30

培训内容包括序列自动处理的技术解释，如何建立UTAP(用户友好转录组分析管道)，以及其输出的简要概述。

2019年3月8日:基因集富集分析(GSEA) -一种超越高通量实验的理解生物学的工具

Ester Feldmesser博士著

地点:范伯格B教室

时间:10:00 -13:00

基因集富集分析(GSEA)是Broad研究所开发的一种计算方法，通过整合来自各种实验平台的数据，在多个“组学”水平上进行功能分析，并提供对分子和化学相互作用的洞察。该方法的强大之处在于关注基因集，即具有共同生物学功能、染色体位置或调控的基因组。它决定了一个先验定义的基因集是否在两种生物状态(例如表型)之间显示出统计上显著的、一致的差异。GSEA代表了一种创新的监督分析方法，它考虑了实验中的所有基因，而不仅仅是那些在折叠变化或显著性方面高于任意截止点的基因。它适用于人类和哺乳动物的高通量实验(蛋白质组学，siRNA筛选，微阵列，RNA-seq等)下游分析。

注册是必须的，并且是开放的。

如果您已经注册了BBCU的活动，请登录这里:http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events
(点击登录按钮)，然后你需要注册参加研讨会。(按“登记”键)
如果您是第一次参加BBCU的活动，您需要在这里注册:
http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events
，然后登入并登记参加工作坊。

2020年3月1日:crispsr设计

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格B教室

时间:9:00 -13:00

在本次研讨会中，将介绍CRISPR设计的要素，包括工具的演示和基因组方面的考虑。

研讨会将以讲座和现场演示的形式进行。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

如果您已经注册了BBCU的活动，请登录这里:http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events
(点击登录按钮)，然后你需要注册参加研讨会。(按“登记”键)
如果您是第一次参加BBCU的活动，您需要在这里注册:
http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events
，然后登入并登记参加工作坊。

2019年2月23日:R

罗恩·罗特科普夫博士著

地点:范伯格B室

时间:10:00 - 13:00

R是一种免费的开源编程语言，广泛用于统计和数据科学。本讲座将介绍R和RStudio的基础知识，主要集中在R中的数据类型，读取数据和操作数据表(也称为数据帧)以及创建图。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

如果您已经注册了BBCU的活动，请登录这里:http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events
(点击登录按钮)，然后你需要注册参加研讨会。(按“登记”键)
如果您是第一次参加BBCU的活动，您需要在这里注册:
http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events
，然后登入并登记参加工作坊。

2020年1月19日:Linux和生物信息学的Wexac集群基本介绍

Ester Feldmesser博士和Noa Wigoda博士

地点:范伯格B教室

时间:14:00 -17:00

在本研讨会中，我们将了解基本的Linux命令，并学习如何将作业逐个发送到集群。

不需要之前的知识。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

如果您已经注册了BBCU的活动，请登录这里:http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events
(点击登录按钮)，然后你需要注册参加研讨会。(按“登记”键)
如果您是第一次参加BBCU的活动，您需要在这里注册:
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，然后登入并登记参加工作坊。

29-12-2019:膨胀机车间

汤姆·海特博士(特拉维夫大学)

地点:范伯格B教室

时间:9:30 -14:30

EXPANDER (EXpression Analyzer and displayplayer)是一个基于java的基因表达和NGS数据分析工具。

它无缝集成在一个包中所有的分析步骤，包括:

EXPANDER为分析提供支持人、小鼠、大鼠、鸡、苍蝇、斑马鱼、秀丽隐杆线虫、酿酒酵母、庞贝葡萄、拟南芥、番茄、水稻、李斯特菌、烟熏假单胞菌和大肠杆菌。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

如果您已经注册了BBCU的活动，请登录这里:http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events
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9-Sep-2019:介绍UTAP:用户友好的转录组分析管道，

作者:Dena Leshkowitz博士，Bareket Dassa博士，Noa Wigoda博士(LSCF生物信息学部门)

地点:范伯格B室

时间:13:30 - 16:00

RNA-Seq(包括bulk Mars-seq)技术通常用于表征转录组和检测细胞类型、基因型和条件之间的基因表达差异。为了实现快速和用户友好的数据分析，我们开发了一个直观和可扩展的转录组管道:UTAP在Weizmann计算机集群(weexac)上执行整个过程，从序列开始，以综合报告结束。研讨会包括关于UTAP执行的分析步骤的讲座和运行管道并理解其产生的输出的实践环节。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

首先你需要在这里注册BBCU的活动:
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2019年7月16日:机器学习项目的工作流程:分类和回归

伊多·阿祖里博士著

伊多·阿祖里博士著

地点:Benozio房间290C

时间:10:00 - 11:00

在研讨会上，将对机器学习进行一般介绍。通过生物信息学和医疗保健的例子，将涵盖基本的定义和思想。本研讨会是为在机器学习方面有很少或没有背景的观众准备的，是对一系列计划中的机器学习会议的介绍。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

首先你需要在这里注册BBCU的活动:
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(点击登录按钮)，然后你需要注册参加研讨会。(按“登记”键)

14 apr -2019:机器学习及其在生物信息学中的应用

伊多·阿祖里博士著

地点:范伯格B室

机器学习方法在科学和工业中具有重要意义。在本次研讨会上，将对机器学习进行一般介绍，然后介绍在生物信息学中的具体应用。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2019年2月24日:genome atix软件

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格B室

时间:10:00 -13:00

Genomatix基因组分析仪是一套致力于启动子分析的程序，包括单基因和基因集水平。

有转录结合位点分析，定义新的结合位点，结合位点的过度表达等程序。

我们有一个本地副本的服务器和帐户可用于感兴趣的魏茨曼科学家。

本研讨会将概述该套件，并演示和强调最常用的工具

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2019年2月3日:UCSC基因组浏览器

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格研究生院B室

时间:10:00 -12:00

在这个研讨会中，我们将介绍UCSC基因组浏览器的基本使用:理解轨道，可用的信息，以及使用浏览器的技巧和技巧。这个研讨会将是现场演示。有兴趣的参与者可以留下，并鼓励他们提供自己的数据/问题。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2019年1月20日:R

罗恩·罗特科普夫博士著

地点:范伯格B室

时间:10:00 - 13:00

R是一种免费的开源编程语言，广泛用于统计和数据科学。本讲座将介绍R和RStudio的基础知识，主要集中在R中的数据类型，读取数据和操作数据表(也称为数据帧)以及创建图。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2019年1月6日:CRISPR设计

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格B教室

时间:9:00 -13:00

在本次研讨会中，将介绍CRISPR设计的要素，包括工具的演示和基因组方面的考虑。

研讨会将以讲座和现场演示的形式进行。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2018年12月31日:genevvestiator软件

Irit Orr著

地点:Levine会议室(101室)

我们最近购买了genevarcheator软件的机构许可证。该软件是一种创新的搜索引擎，用于研究数千种实验条件下的基因转录调控。它根据组织、癌症、疾病、基因修饰、外部刺激、大量生物(包括植物和大肠杆菌)的发育等条件类型很好地总结了数据。genevarcheator集成了来自公共存储库的人工管理和质量控制的基因表达数据，但也可以集成专有数据。它基于元档案的概念。更高级的分析也是可能的。例如，人们可以搜索特定条件下的特定表达基因，如特定组织，或特定癌症类型等。它还可以搜索与目标基因表达调控相似的基因，或通过聚类、双聚类等方法对表达相似的基因进行分组。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2018年12月23日:介绍Linux和用于NGS分析的Wexac集群

Ester Feldmesser博士著

地点:范伯格B室

在本研讨会中，我们将了解Linux上的基本命令，并学习如何将作业发送到集群。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2018年11月28日:BioCyc网站工具

作者:Bareket Dassa博士

地点:Benozyo大厦二楼290会议室

BioCyc是一个生物特异性通路/基因组数据库的集合(http://www.biocyc.org/)．它提供了先进的工具来可视化模型生物和多种细菌的代谢图。在本次研讨会中，我们将演示如何在代谢途径的交互式地图上可视化组学数据(转录组学，蛋白质组学或代谢组学)。我们将浏览途径/基因组数据库集合，通过基因、蛋白质、代谢物或途径进行搜索。我们还将说明细菌比较基因组浏览器，以比较生物体和可视化的调控元件。魏茨曼用户可以免费访问BioCyc收藏。

报名是必需的，现已开放。

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2018年10月15日:介绍UTAP:用户友好的转录组分析管道

作者:Dena Leshkowitz博士，Barket Dassa博士，Noa Wigoda博士(LSCF生物信息学部门)

地点:范伯格B室

RNA-Seq(包括bulk Mars-seq)技术通常用于表征转录组和检测细胞类型、基因型和条件之间的基因表达差异。为了实现快速和用户友好的数据分析，我们开发了一种直观和可扩展的转录组管道(UTAP)，它在Weizmann计算机集群(WEXAC)上执行整个过程，从序列开始，以综合报告结束。研讨会包括关于UTAP执行的分析步骤的讲座和运行管道并理解其产生的输出的实践环节。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2018年7月18日:实践:ATAC-seq分析

Ester Feldmesser博士和Bareket Dassa博士

地点:Levine会议室(101)

在这个研讨会上，我们将教授如何QC和分析ATAC-seq数据，包括分享脚本，使其变得容易。

这个研讨会是为那些对自己分析数据感兴趣的人准备的。

先决条件:

如果你有带安全WIFI的笔记本电脑，请带上它。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2018年6月6日:介绍Linux和用于NGS分析的Wexac集群

Ester Feldmesser博士著

地点:范伯格B室

在本研讨会中，我们将了解Linux上的基本命令，并学习如何将作业发送到集群。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2018年5月23日:GeneCards套件-用于破译NGS数据的数据库和工具

吉尔·施特尔策博士著

地点:Levine会议室(101室)

本次研讨会将介绍GeneCards和MalaCards，它们以基因或疾病为中心的方式统一了大量的数据源。此外，我们将学习如何使用GeneAnalytics在一组基因中寻找丰富的描述符，以及如何使用VarElect对感兴趣的表型相关的基因列表进行优先级排序。

研讨会将包括关于各种GeneCards套件成员的简短讲座和实践练习。

需要注册，并将在研讨会日期附近开放。

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2018年5月2日:CRISPR设计研讨会

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格B室

在本次研讨会中，将介绍CRISPR设计的要素，包括工具的演示和基因组方面的考虑。

研讨会将以讲座和现场演示的形式进行。

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2018年3月13日:使用Partek软件进行聚类和绘图

Ester Feldmesser博士著

地点:在我们的会议室

在本研讨会中，我们将学习如何使用Partek®Genomics Suite®进行基因表达数据的聚类和可视化。我们将讨论不同的距离度量和聚类方法，并提供如何为您的数据选择适当的方法的指南。此外，我们将学习使用火山图绘制和可视化基因表达的变化。

需要注册。

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14 feb 2018:介绍UTAP:用户友好的转录组分析管道

德纳·莱什科维茨博士著(生物信息学单元)

地点:范伯格B室

RNA-Seq技术通常用于表征转录组，并检测细胞类型、基因型和条件之间的基因表达差异。为了实现快速和用户友好的数据分析，我们开发了一个直观和可扩展的转录组管道，执行整个过程，从序列开始，以综合报告结束。在本次研讨会上，我们将介绍我们开发的UTAP，并讨论如何运行UTAP管道，它执行的分析步骤和输出。

关于管道的更多信息可以在这里找到在这里。

需要注册。

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2018年2月7- 7日:R

罗恩·罗特科普夫博士著

地点:范伯格B室

R是一种免费的开源编程语言，广泛用于统计和数据科学。本讲座将介绍R和RStudio的基础知识，主要集中在R中的数据类型，读取数据和操作数据表(也称为数据帧)以及创建图。

需要注册。

首先你需要在这里注册BBCU的活动:
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(点击登录按钮)，然后你需要注册参加研讨会。(按“登记”键)

2018年1月9日:CRISPR设计研讨会，

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格B室

在本次研讨会中，将介绍CRISPR设计的要素，包括工具的演示和基因组方面的考虑。

研讨会将以讲座和现场演示的形式进行。

首先你需要在这里注册BBCU的活动:
http://bip.weizmann.ac.il/activbin/events
(点击登录按钮)，然后你需要注册参加研讨会。(按“登记”键)

2018年1月2日:UCSC基因组浏览器

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格研究生院B室

时间:1月2日09:00 - 11:00

在这个研讨会中，我们将介绍UCSC基因组浏览器的基本使用:理解轨道，可用的信息，以及使用浏览器的技巧和技巧。
这个研讨会将是现场演示。有兴趣的参与者可以留下，并鼓励他们提供自己的数据/问题。
没有先决条件。

需要注册。
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2017年9月12日30日:仅面向pi的生物信息学研讨会

生物信息学小组

地点:莱文大厦101室

详细信息点击这里

2017年11月1日-纳米孔测序的新冒险

作者:Jackie Evans，知识经理，牛津纳米孔技术公司

地点:Candiotty礼堂
时间:9:30 - 11:00

流式细胞加载演示11:10- 11:30
牛津纳米孔技术公司旨在颠覆生物分析的范式。我们的技术和商业模式已经向以前无法直接接触测序技术的研究人员开放了DNA分析，使他们能够在自己的实验室或实地进行实时分析。我们不断改进技术性能，使其更易于使用，并扩展用户访问纳米孔测序的方式。这种技术途径旨在使任何人在任何环境下对任何生物进行分析。
本次研讨会将介绍世界上第一个也是唯一的纳米孔DNA测序仪MinION，它可以直接测序DNA和RNA，而不需要PCR。它将包括MinION可移植性的例子，来自实时分析的机会，以及读取多长时间可以满足当今基因组研究中存在的一些挑战。它将展示这种低成本的设备如何为任何人带来简单的生物分析，无论是在科学研究、教育还是一系列现实世界的应用，如疾病/病原体监测，甚至微重力生物学。MinION被70多个国家的科学家社区所使用，在传统的实验室环境和实地应用中实现了无数的应用。
纳米孔测序是完全可扩展的通过GridION X5和PromethION，可用于解决任何规模的测序项目。这两个系统都有流程单元，可以单独使用，也可以一起用于更大的项目或介于两者之间的任何项目。大型和小型项目可以同时运行，在不同的时间启动，并根据需要运行多长时间以生成所需的数据。

加入我们学习:
纳米孔测序是如何工作的
有什么不同之处
DNA和RNA测序的选项
扩大实验规模有多容易
开始使用这项技术涉及到什么

主持人:Dena Leshkowitz博士

2017年9月5日:genevarcheator®软件

Irit Orr著

地点:Levine会议室

我们最近购买了genevarcheator软件的机构许可证。该软件是一种创新的搜索引擎，用于研究数千种实验条件下的基因转录调控。它根据组织、癌症、疾病、基因修饰、外部刺激、大量生物(包括植物和大肠杆菌)的发育等条件类型很好地总结了数据。genevarcheator集成了来自公共存储库的人工管理和质量控制的基因表达数据，但也可以集成专有数据。它基于元档案的概念。更高级的分析也是可能的。例如，人们可以搜索特定条件下的特定表达基因，如特定组织，或特定癌症类型等。它还可以搜索与目标基因表达调控相似的基因，或通过聚类、双聚类等方法对表达相似的基因进行分组。

2017年7月26日:匠心:用灵活的路径分析工具发现生物学(脊椎动物)

Ester Feldmesser博士著

地点:范伯格B室

匠心是一个执行路径和功能分析的商业工具。通过整合来自各种实验平台的数据，并深入了解分子和化学相互作用、细胞表型和系统的疾病过程，它有助于在多个层面上理解复杂的“组学”数据。它还提供了深入了解观察到的基因表达变化的原因，并预测这些变化的下游生物学效应。该工具是用户友好的，结果显示在高质量的图形。适用于高通量实验(蛋白质组学、siRNA筛选、微阵列、RNA-seq等)的下游分析。

研讨会演讲

2017年6月18日:CRIPSR设计工作室

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格B室

在本次研讨会中，将介绍CRISPR设计的要素，包括工具的演示和基因组方面的考虑。

该计划包括:

CRISPR生物学简介
设计注意事项
关于目标效率
脱靶最小化
基因敲除，突变，条件
修复寡聚设计

3-5-17: Unix简化初学者

基里尔·科根著

地点:范伯格B室

时间:9:00 -12:00

在这个研讨会中，我们将概述Linux操作系统，包括它的历史，与Windows的区别，以及为什么它对你有好处。此外，您还将学习如何使用Linux命令行!具体来说:1)Linux文件系统导航。2)操作文件和目录。3)文件系统权限管理等。

NGS技术介绍。
实验设计。
NGS数据的初步分析，从机器到每个样品的序列文件。
以下应用的二次分析:< /br>
RNA-seq，基因水平和选择性剪接。
ChIP-seq。
变异检测。
从头转录组定义。
数据的生物学整合和解释。
额外的基因组技术。

能够用Python编写程序。
掌握丰富的Python库和模块。
理解Python中的过程控制流。
使用面向对象编程技术。
将有8个环节(最后2个环节是可选的)。
该研讨会包括大约40%的实践。
具备高级语言(如C, Java)或脚本语言(如Shell, VBSscript, Javascript, Perl, PHP或Ruby)的基本编程背景。
使用emacs, vi, pico或notepad等文本编辑器的经验。
了解文件和目录。

Linux操作系统概述
Linux命令行
WEXAC集群

2017年3月5-7日:基于R的深度测序分析先进方法

地点:范伯格B室

研讨会讲者

工作坊计划

2017年2月6日:R图和图

罗恩·罗特科普夫博士

地点:范伯格B室

时间:10:00 -13:00

在本研讨会中，我们将演示如何使用编程语言“R”来创建探索性和发布级图形。

在第一个小时中，我们将介绍R中的基本数据输入和操作，在接下来的两个小时中，我们将使用R基函数和“ggplot2”包创建图形。如果你已经有了一些R的经验，并且只对图形部分感兴趣，欢迎你从第2个小时开始加入。

研讨会将分为讲座和实践环节。

2017年1月2日:Linux初学者

基里尔·科根著

地点:范伯格B室

在这个研讨会中，我们将概述Linux操作系统，包括它的历史，与Windows的区别，以及为什么它对你有好处。此外，您还将学习如何使用Linux命令行!具体来说:1)Linux文件系统导航。2)操作文件和目录。3)文件系统权限管理等。

2016年11月25日:学习如何从RNA-Seq数据中检测差异表达基因

作者:Dena Leshkowitz博士(生物信息学部门)

地点:范伯格B室

本研讨会介绍了分析RNA-Seq以检测差异表达基因的基本原理和技术诀窍。我们将使用Chipster，一个直观的图形用户界面，以对齐读取基因组(大礼帽)，量化基因(HTSeq)及检测差异表达基因(DESeq2)．
9:00- 10:00介绍讲座
10:00-12:00实践环节

芬多精的编程

Gabor Szabo著

地点:范伯格B室

时间:2016年9月4日、5日、12日、14日、18日、25日、26日、28日9:30-12:30

这是一个初学者正在进行的研讨会。它适合任何想要使用Python开发应用程序、为QA编写测试或使用它进行系统管理的人。

9月15日-16日:ChIP-Seq:使用深度测序发现蛋白质- dna相互作用

作者:Dena Leshkowitz博士(生物信息学和生物计算单元)

地点:范伯格B室

时间:2016年9月15日9:00-12:00

本研讨会将介绍分析下一代测序产生的ChIP-Seq数据的基本原理。我们将讨论ChIP-seq实验设计和分析的基本原理。讲座结束后，学员将使用典型的开源工具(MACS, CEAS, GREAT)完成计算机实践练习。

车间安排:
9:00-10:00讲座
10:15-11:15实践环节
11:30-12:00动手成果总结

2016年3月29日:使用Partek进行可视化和聚类

Naama Kopelman博士著

地点:范伯格B室

在本研讨会中，我们将学习如何使用Partek®Genomics Suite®进行基因表达数据的聚类和可视化。我们将讨论不同的距离度量和聚类方法，并提供如何为您的数据选择适当的方法的指南。此外，我们将学习在样本和分类变量之间绘制和可视化强度值。

2016年2月17日:CRIPSR设计工作坊

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格B室

在本次研讨会中，将介绍CRISPR设计的要素，包括工具的演示和基因组方面的考虑。研讨会将以讲座和现场演示的形式进行。

20-Jan-2016:学习如何从RNA-Seq数据中检测差异表达基因

作者:Dena Leshkowitz博士(生物信息学部门)

地点:范伯格B室

本研讨会介绍了分析RNA-Seq以检测差异表达基因的基本原理和技术诀窍。我们将使用Chipster，一个直观的图形用户界面，来对齐基因组的读取(Tophat)，量化基因(HTSeq)和检测差异表达基因(DESeq2)。
9:00- 10:00介绍讲座
10:00-12:00实践环节

2015年12月30日:Python编程研讨会

Naama Kopelman博士著

地点:范伯格B室

时间:9:00 - 12:00(下期为1月6日9:00 - 12:00,1月13日9:00 - 12:00)

本研讨会将向您介绍Python，一种广泛使用和通用的编程语言。Python可以作为数据分析的强大工具，在科学界占有突出的地位。

本次研讨会将有3个环节。每个环节将包括一个讲座和实践。在本课程结束时，您将能够自己编写简单的程序，主要用于文本处理和数据组织。
不需要初步的经验。
**如果有足够多的学生感兴亚博英雄联盟趣，我们将举办第二次研讨会，学习更高级的Python编程。

2015年12月23日:R

罗恩·罗特科普夫博士著

时间:09:00 -10:00讲座10:00 - 12:00实践环节。

地点:范伯格B室

在本研讨会中，我们将演示如何使用编程语言“R”来创建探索性和发布级图形。我们将从基本的数据操作开始，并使用R基函数和“ggplot2”包。

不要求有R方面的经验。

2016年11月15日:匠心:用灵活的路径分析工具发现生物学(脊椎动物)

Ester Feldmesser博士著

地点:莱文大厦101室

匠心是一个执行路径和功能分析的商业工具。通过整合来自各种实验平台的数据，并深入了解分子和化学相互作用、细胞表型和系统的疾病过程，它有助于在多个层面上理解复杂的“组学”数据。它还提供了深入了解观察到的基因表达变化的原因，并预测这些变化的下游生物学效应。该工具是用户友好的，结果显示在高质量的图形。适用于高通量实验(蛋白质组学、siRNA筛选、微阵列、RNA-seq等)的下游分析。

研讨会演讲

2015年12月16日:匠心:用灵活的路径分析工具发现生物学(脊椎动物)

Ester Feldmesser博士著

地点:范伯格B室

匠心是一个执行路径和功能分析的商业工具。通过整合来自各种实验平台的数据，并深入了解分子和化学相互作用、细胞表型和系统的疾病过程，它有助于在多个层面上理解复杂的“组学”数据。它还提供了深入了解观察到的基因表达变化的原因，并预测这些变化的下游生物学效应。该工具是用户友好的，结果显示在高质量的图形。适用于高通量实验(蛋白质组学、siRNA筛选、微阵列、RNA-seq等)的下游分析。

研讨会演讲

2015年12月2日:CRIPSR设计工作室

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格B室

在本次研讨会中，将介绍CRISPR设计的要素，包括工具的演示和基因组方面的考虑。

研讨会将以讲座和现场演示的形式进行。
研讨会演讲

2015年11月7日- 11月7日:R

罗恩·罗特科普夫博士著

地点:Botnar报告厅

R是一种免费的开源编程语言，广泛用于统计和数据科学。本讲座将介绍R和RStudio的基础知识，主要集中在R中的数据类型，读取数据和操作数据表(也称为数据帧)。

该讲座计划作为即将到来的生物导体课程参与者的前一讲，但它对任何有兴趣开始使用R的人都是开放的。

2015年5月31日:CRIPSR设计工作室

Shifra Ben-Dor博士著

地点:范伯格B室

在本次研讨会中，将介绍CRISPR设计的要素，包括工具的演示和基因组方面的考虑。

对于那些参加了2月16日的CRISPR研讨会的人来说，这将是一个扩展版的演讲。
研讨会将是现场演示，最后还将为感兴趣的人提供准备好的示例，但鼓励参与者提供他们自己的数据/问题。
本次研讨会预计将超额预定-我们要求每个小组只登记一人(研讨会将重新举行)。参加研讨会的通知将在3月的第一周发出。

2015年5月17日:人口结构研讨会

Naama Kopelman博士著

在哪:范伯格B室
时间:5月17日09:00 - 12:00

这个讲习班将包括一个关于人口结构的介绍性讲座，然后是一个实践环节。

基于多位点基因型的个体聚类已成为群体遗传学研究的关键一步。许多不同的程序已经开发出来，以面对将个体划分为预定义数量的种群k的挑战，这些程序中使用最广泛的是结构(Pritchard等人，2000;Falush et al. 2003;Falush et al. 2007;Hubisz et al. 2009)。许多类似结构的程序是随机的，并且可以为重复运行产生不同的结果。不同的解决方案可以是解决方案空间中多模态的结果，也可以是集群之间标签切换的结果。在本研讨会中，我们将讨论structure的使用，以及如何使用一些额外的工具来理解复制运行的多个结果和各种K值。

实践环节将指导参与者通过准备好的例子和人口结构分析中一些流行工具的演示Â - structure, clupp, struct, Evanno方法和clupak。

2015年5月10日:ChIP-Seq:使用深度测序发现蛋白质- dna相互作用

德纳·莱什科维茨博士著

研讨会将讨论实验设计中的重要方面，以及我们如何分析数据以找到蛋白质结合位点并确定其生物学意义。
9:00-10:30讲座
10:30-12:00实践环节

1. 一个关于水果的简单例子-用Python解决一个简单的分类问题-水果爱好者版|，作者:Susan Li | Towards Data Science
2. 使用泰坦尼克号数据集的高级示例-使用Python的机器学习:分类(完整教程)|，作者:Mauro Di Pietro | Towards data Science
3. • 数据预处理和规范化
   • 差异基因鉴定(包括适用于NGS数据分析的方法)
   • 集群和双集群;
   • 下游富集分析:
     - GO功能类别
     -启动子区域的TF结合位点
     - 3'- utrs和
     -生物途径和
     -染色体位置
   • 基于网络的表达数据分析。
   • 了解ATAC-seq的库准备协议
   • Linux基础知识
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