通常，基于用户发现的合适协议的分析方法是根据应用条件(仪器、色谱柱等)而创建的。通常需要目标化合物的标准。当协议不存在或基本方法不可接受时，需要开发一种新的方法，以找到满意的条件进行LC/GC分离、MS信号优化和/或样品制备。