基因组学、沙箱如何订购

沙盒

沙盒设备和消耗品只能由经过培训的魏茨曼科学家在研讨会后使用。如有任何问题，请与我们联系。

Mars-seq -为RNA-seq准备文库的协议

魏兹曼科学科学家有兴趣参加Mars-seq研讨会的请给Hadas Keren-Shaul发邮件，hadas.keren-shaul@weizmann.ac.il．请注意，每个研究小组优先培训一个人，只有他/她才能在沙盒单元工作。因此，最好是一个在实验室里有大量时间的人。

在研讨会之后，您将收到关于如何预订沙盒设施的说明。简而言之，一个“沙盒”插槽(Sandbox1、Sandbox2或Sandbox3)可以通过内部服务来预留。用户首先需要在“Genomics, Sandbox (order)”中为他们希望处理的样本数量打开一个订单。这将产生一个订单号，可用于在“基因组，沙盒(房间预订)”中预定所需的日期和时间的沙盒插槽。

短读测序- Nextseq 500/550, Illumina

魏茨曼用户希望使用Nextseq测序仪应协调Nextseq培训与穆里尔Chemla，muriel.chemla@weizmann.ac.il．即使用户有经验，基本的培训/指导也是必要的。

用户应能提供以下资料:

  1. 用户的UserID。
  2. PI的用户id。
  3. SusanC用户。这可以问Irit Orr，Irit.Orr@weizmann.ac.il．
  4. 库类型(如何准备)。
  5. 照明参数要求格式- Rd1, Rd2, i5, i7。
  6. 样品运行应在一个池~20 ul，在4nM。

一些指南:

  1. 希望预订Nextseq的训练有素的用户可以在“基因组学，沙盒(房间预订)”下选择Nextseq#1(500)或Nextseq#2(550)。这两种定序器没有区别。
  2. 如果您不打算使用您的排序时段，请体谅并准时取消您的时段。其他人可能需要它。
  3. 禁止晚上8点以后开始跑步。
  4. 与Nextseq 500一起使用的试剂盒应从Danyel生物技术公司独立购买。如果用户感兴趣，套件可以直接交付到Levine大楼，并注明小组名称。当你订购工具箱时，请通知Muriel Chemla，muriel.chemla@weizmann.ac.il．
  5. Nextseq运行开始后，用户必须登录到Susanc网站并注册运行。这对于数据检索至关重要。一旦运行结束，用户将收到一封带有他的数据链接的电子邮件。有关Nextseq工作流的更多信息https://ngs-pipeline.weizmann.ac.il/

请注意:用户对其库的质量和排序结果负责。由于序列偏差、低复杂度区域或库中的其他问题而导致的产量下降，沙盒单元将不承担任何责任。如果您有任何问题，欢迎您直接与我们或丹尼尔生物技术(Illumina代表)联系。

单细胞rna序列铬，10x基因组

如果您有兴趣使用10X Genomics Chromium仪器，请联系Hadas Keren-Shaul，hadas.keren-shaul@weizmann.ac.il电话:6975。

10倍基因组学研讨会是一个为期2天的个人培训，在事先协调后对用户的真实样本进行。

长读测序-续集，PacBio

如果您有兴趣使用Sequel PacBio仪器，请联系Hadas Keren-Shaul，hadas.keren-shaul@weizmann.ac.il电话:6975。

阵列杂交

订购过程分为两部分:

完成后，用户应通过“内部服务”安排扫描时间。在“生物服务”下转到“微阵列队列”。在下拉菜单中选择“微阵列扫描仪”并按下您希望使用扫描的时间槽

  1. 阵列:用户直接从供应商处购买。Affymetrix阵列来自Eisenberg Brothers, Agilent阵列来自Eldan。数组被直接运送到单元，并存储在您的名下。
  2. 样品处理:

威斯康星州的用户

订购样品处理通过“内部服务”完成。在“生物服务”下转到“微阵列”。选择您需要的处理类型并提交。

外部用户

所有用户必须拥有有效服务协议(商业用户，学术用户)，然后提交样本。提交样品时，请携带您所在机构的工作凭证。根据需要，可以从该单位获得报价。另外，请打印相关的样品提交表，准确填写并随样品一起带来。

插入样本提交表格!

扫描

WIS用户如欲扫描自己的阵列，应先向单位职员提供以下资料，在系统内登记:

  1. 用户的用户id
  2. PI用户id
  3. 预算编号(12位数字)