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Susanc和noys常见问题解答
Affymetrix
不管应用的是什么，在杂交和清洗之后，Affymetrix阵列被Affymetrix扫描仪扫描。扫描的输出是一个CEL文件，它是“原始数据”，是大多数下游分析软件的输入。虽然您可能无法打开此文件，但CEL文件是您的原始数据，保存它非常重要。
对于表达式数组，该单元运行“表达式控制台”软件，该软件对数组进行量化、规范化并给出一些质量控制措施。我们也对“Partek”做一些QC。因此，你会收到这些软件的输出文件，即:
- 一个“透视”表，它是量化(和规范化)的数据，文本格式，可以在Excel中打开。每行是一个探针集，每列是一个样本(即一个数组)，图为信号强度。对ST阵列采用RMA算法，对3素数阵列采用MAS5算法。探测集的更新注释附加到表(最后一列)。
- 一个“full_report”，包含数组的QC措施，文本格式，可以在Excel中打开。不符合规格的测量将用橙色标记
- 包含QC图像的pdf文件，包括:实验中所有阵列的信号直方图，信号分布的Box-Plot;所有样本的Pearson相关性，PolyA和Hyb对照的折线图。
- 实验中采用主成分分析和层次聚类的方法。
您还将收到一个“示例”Excel文件，该文件是您给出的示例名称与单元接收到的用于处理的代码之间的转换表。
关于SNP阵列输出文件的详细信息可以在这里找到(*链接到文件)
安捷伦科技公司
无论应用的是什么，在杂交和清洗后，安捷伦阵列都由安捷伦扫描仪扫描。扫描的输出是一个TIFF文件。无论是单染料杂交还是双染料杂交，都生成一个单一文件。该文件是“原始数据”，是大多数下游分析软件的输入。对于所有类型的安捷伦阵列，该单元运行“特征提取”软件，该软件可以量化、规范化并给出一些质量控制措施。你会收到本软件的输出文件，即:
- 一个表格文本文件，它是量化(和规范化)的数据。每个数组都有一个单独的文件，其中的每一行都是一个探测(即点)。
- 每个数组的jpeg图像
- 带有质量控制报告的pdf文件
您还将收到一个“示例”Excel文件，这是您给出的示例名称与单元接收到的用于处理的代码之间的转换表，以及在每个数组中放置哪些示例。
磁带机
您将通过电子邮件收到一份pdf文件，其中包含分析样本的结果。一个文件最多生成16个样本。对于每个样本，您将有一个图表，表格和计算凝胶图像。在RNA样品中，样品的完整性用RIN (=RNA完整性数)表示。10是最大值，数字越高，完整性越高。分别出现2个明显的峰(图上)或带(凝胶图上)，代表18S和28S。